联盟国的官方旗帜,实际上被称为“星条旗”(Stars and Bars)者,上有七星,代表最初建国的七州。因为这面旗帜在战斗中有时与联邦旗帜难以区分,所以在军事行动中较常使用者为联盟国的军旗,即被称为“南方十字旗”者。南方十字旗上有十三颗星,加入了在萨姆特堡之战后参与的四州,以及支持联邦的政府与分离份子较劲的肯塔基与密苏里两州(参见密苏里脱离联邦)。经20世纪大众传媒报道后,“南方十字旗”在成为今日与联盟国密切相关的表征。南方十字旗是正方形旗帜,常见的长方形南方十字旗其实是田纳西第一军团(First Tennessee Army)的旗帜;因其最初用于联盟国海军,故又称为“舰艏旗”(Naval Jack)。
在舰艏旗采用后,“联盟国”便将南方十字旗外围加上白边(第二幅图),成为无暇旗。后又因与投降的白旗过于相似,便在右边加上了红条(第三幅图),称之为鲜血无暇旗。