乾隆三十六年，大金川土司索诺木（莎罗奔侄孙）与小金川土司僧格桑（泽旺子）再次发动反清斗争﹐乾隆帝命温福﹑桂林分别自汶川及打箭炉（今四川康定）攻小金川。索诺木派兵助僧格桑抗击清军。三十七年五月，桂林兵败被黜，乾隆帝以阿桂代桂林。十二月，清军攻占小金川美诺官寨，僧格桑奔大金川。次年六月，小金川藏族反攻清军，收复美诺，清军死三千人，主帅温福战死。时乾隆帝在热河，闻报后，决定以阿桂为定西将军，加派健锐营﹑火器营兵两千﹑黑龙江及吉林兵两千入川增援。十月，复攻占美诺。清军第二次征伐金川以来，受到当地藏族人民的坚决反抗，深陷重围，屡遭失败。乾隆帝恼羞成怒，命令阿桂等人在讨平小金川后，立即以全力征伐大金川。为抵抗清军的进犯，大金川增垒设险，严阵以待，其防守远较小金川更为严密，坚持斗争长达两年，终以众寡不敌而失败。四十年七月，索诺木鸩杀僧格桑，献尸请降，不准。八月，清军攻破大金川勒乌围官寨。次年正月，复攻破索诺木最后据守的堡寨噶尔崖，索诺木出降。清军第二次出兵大﹑小金川，历时五年，耗费白银七千万两，官兵死伤数以万计。事平后，清朝在大﹑小金川设立懋功﹑章谷﹑抚边﹑绥靖﹑崇化等五屯，驻军屯垦，以防再次发生反抗事件。
