个体工商户可以申请代开增值税专用发票，增值税专用发票税率是3%。个体工商户要按3%在国税缴纳增值税和在地税缴纳增值税附加及印花税、个体经营所得税。
根据国税发[2004]153号文件规定，已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者），以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，可以申请代开专用发票。即办理税务登记的个体工商户也可以申请代开发票。
主管税务机关只能为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票。固定业户到外县(市)销售货物，向其机构所在地主管税务机关申报纳税，需要申请代开专用发票的，也应到其机构所在地主管税务机关申请代开。
根据国税函[2005]248号文件规定，凡出口企业从小规模纳税人购进的货物出口，一律凭增值税专用发票（必须是增值税防伪税控开票系统或防伪税控代开票系统开具的增值税专用发票）及有关凭证办理退税。小规模纳税人向出口企业销售这些产品，可到税务机关代开增值税专用发票。
