中国人民解放军第二军医大学变更为海军医学院，接着与海军医学研究所合并。
目前海军没有专门的医学院，只有第二军医大学开设有海军临床医生学（一般面向地方招考，无军籍）和海军全科军医专业（面向部队招生，现役军人），毕业后一般分配到卫生队和舰艇上为海军官兵服务。因此，依托二军大原有的海军医学基础，组建新的海军医学院就显得顺理成章。
第二军医大学海军医学系于1958年开始筹建，1960年正式建成招生。现已成为我国军事航海医学高层次人才培养的主要基地，被誉为“人民海军军医的摇篮”。海军医学系是国内高校唯一的航海医学专业本科、硕士、博士学位授权学科和博士后培养点。拥有航海医学、军事预防医学、放射医学和营养与食品卫生学4个博士学位授权学科。其中，航海医学和放射医学为国家重点建设学科，军事航海医学为军队“2110工程”重点建设学科，放射医学为上海市公共卫生重点建设学科。航海特殊环境医学防护实验室为军队院校重点实验室、军队医学专业重点实验室和全军后勤实验室。
