（1）大量使用化学农药，造成环境污染和病虫害抗药性的产生。由于南方果树所处地区优越，有合适的温度、光照和湿度条件，使病虫害周年发生、反复危害。为控制病虫害，大量用药、反复用药，往往就是见虫就打、见病就防，造成农药使用的盲目性。
（2）病虫测报工作比较薄弱。南方果树主要病虫害的发生都是在一定环境条件下的产物，并具有自身发展的过程和原因，如何开展预测预报工作，只有掌握病虫发生规律，确定其发生趋势，为病虫的防治适期提供依据，才能掌握主动，发挥防治措施的作用，达到控制病虫危害的目的。但是，在生产上未能抓住防治适期，造成使用农药浓度提高，使用次数增加，不仅费工费药，防治费用不断上升，收不到预期的防治效果。
（3）防治方法单一。生产上常用的只有化学防治，缺乏多种方法的有机配合使用。加剧了病虫害防治中的恶性循环。
（4）由于受全球气候变化的影响，近几年冬天气温偏高，加上南方雨量多、湿度大，很多病虫种类无明显的越冬休眠期，年发生世代增多，发生周期缩短。
（5）果树的大面积种植及个体管理模式为有害生物的发生和传播创造了有利条件。果树已从过去的零星种植发展为大面积连片种植，而且在同一地区往往栽种多个品种，这就为一些杂性或转移性害虫如金龟子、椿象、尺蠖、吸果夜蛾等提供了丰富食料及传播桥梁，甚至有些果园失管，为一些有害生物提供了生存空间及繁殖场所。
（6）病虫害对农药抗药性的产生，使果农不得不增加农药的使用浓度和使用次数，如20%三氯杀螨醇和40%水胺硫磷等防治柑橘红蜘蛛时的使用浓度已达500倍以上，而73%克螨特乳油也用到1000倍，甚至800倍。
（7）有些地区在果树生产中苗木的引进和运输缺乏有限的监管机制，未能遵守植物检疫的相关规定，给危险性病虫害的扩散蔓延提供了可乘之机。
（8）新技术研究和现有科研成果推广力度不够，对某些病虫害的发生发展规律还没能掌握，对某些病虫害在其发展和繁衍过程中对药剂的抗御作用缺乏有效的应对方法，从而出现越防越难防的尴尬局面。
（9）农药在果品中的残留及对生态环境的影响。果树在使用农药以后，果品中会有一定量的农药残留。有些果农在荔枝、龙眼、芒果、柑橘、杨桃等水果收获前几天仍使用一些高毒、残效期长的农药，这必然造成果品中农药残留量超标。使用化学农药，实际上只有少量作用于害虫虫体，绝大部分通过空气、雨水、土壤循环到地下水、河流等水资源当中，直接影响到生态和环境安全。
