（一）药物
1.阳离子防腐剂 作为首选用药显示了良好的疗效。目前常用的是0.02%的氯已定和0.02%的聚六甲基双胍（PHMB），对角膜上皮没有明显的毒性作用。
2.芳香族双脒
目前最常用的治疗方案。常用的有0.1%普罗帕脒0.15%依西双溴丙脒。但长时间应用对角膜组织可产生药物毒性反应。体外试验证实二甲基亚砜可增加药物对包囊的穿透性，明显加强普罗帕脒的杀灭包囊的作用。
3.氨基糖苷类抗生素
巴龙霉素和新霉素与芳香族双脒类药物合用，可进一步提高疗效。新霉素具有类似洗必泰和PHMB的作用，可以破坏棘阿米巴的外膜，促进芳香族双脒类药物进入虫体发挥作用，但对包囊无效。应用过程中也应注意其毒性作用，避免长期使用。
4.咪唑类
咪唑类可以影响棘阿米巴细胞壁的稳定性，在治疗过程中起到辅助作用，单独用药往往无效。药物主要包括克霉唑、氟康唑、酮康唑、伊曲康唑和咪康唑等。
5.糖皮质激素
在抗棘阿米巴治疗的同时，是否应用糖皮质激素，目前尚有争议。在体外试验中，糖皮质激素能够抑制棘阿米巴的包囊形成和脱囊过程，有利于角膜炎的治疗。但在动物试验中此过程没有得到证实相反，应用糖皮质激素可加重角膜的浸润和基质中胶原组织的坏死。因此除非合并有巩膜炎或葡萄膜炎对于糖皮质激素的使用应该慎重。
6.促进溃疡修复的药物
在角膜溃疡进入修复阶段可辅助应用表皮生长因子和纤维连接蛋白等药物，以及眼表润滑剂，如透明质酸钠等。
（二）分期治疗
药物治疗应采用联合用药的方式，在治疗的不同阶段用药方法也不同。
1.急性期强化治疗
用0.02%的氯已定或0.02%PHMB联合0.1%的羟乙磺酸丙氧苯脒，昼夜每小时1次局部点药，连续48～72小时，同时可应用0.5%新霉素滴眼液作为三联治疗。
2.维持期治疗
每4小时用药1次，如果出现药物毒性反应，可停用Brolene继续氯已定或PHMB和新霉素治疗，3周后结合临床情况逐渐减少用药次数。 2个月后可单独应用0.02%的氯已定，疗程应该超过6个月。 如果上述治疗效果不佳，可加用咪唑类药物，可用1%的克霉唑点眼，口服酮康唑；或伊曲康唑。
治疗过程中应该注意阿米巴混合细菌、病毒或真菌感染的情况，如果临床怀疑混合感染，应该及早根据微生物检查结果同时进行抗菌或抗病毒治疗。
（三）手术治疗
在药物治疗无效角膜炎症进行性加重的情况下应及时手术，切除病灶，控制炎症挽救视力和眼球。如果炎症尚未累及角膜全层可行板层角膜移植术；若为炎症已累及角膜全层合并大量前房积脓则应行穿透性角膜移植术。
