为母牛选择种公牛时，首先要分析牛群，确定育种目标或确定改良主要性状，包括群体和个体性状。在了解牛群的基础上，了解种公牛系谱资料，查看后裔测定成绩。遵循避免近交、避免共同缺陷、有重点改良性状的选种选配原则，将牛群划分等级，根据母牛个体特点选择与配公牛。
由于人工授精技术的应用使得优秀种公牛在世界范围内应用，加上奶牛品种较少，目前世界上优秀种公牛来源于几个大系，因此，一般牛场都会绘制自己牛场的血缘关系图来作为参考。同时根据生产性能测定数据和体型外貌线性鉴定评分结果来确定个体的主要改良性状以及群体的主要改良性状。由于奶牛性状遗传力不高，所以一次不能同时改良太多的性状，一般最多改良3个性状，逐渐改进，因此奶牛育种是长期的、渐进的过程。
