南瓜种子发芽不需要用木棍，种子消毒南瓜种子在浸种前选晴天进行晒种，种子消毒应在浸种前进行。方法如下：
1.高温杀菌把种子放入55℃的温水中浸10分钟，并不断搅拌至水温30℃，保持种子受热均匀，热水量应是种子量的5倍左右，然后将种子继续浸泡3~4小时。可预防南瓜花叶病毒病。
2.化学药剂杀菌将种子放入清水中浸泡4~5小时。捞出后用1%的硫酸铜浸泡5分钟，或用0.1%高锰酸钾浸泡种子30分钟左右，或用40%甲醛100倍液浸种20分钟；用70%甲基硫菌灵或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种30分钟，可预防炭疽病。然后再用清水冲洗干净，稍沥干，准备上床催芽。用90%敌百虫粉拌种，直播可防蚁类及地下害虫咬种。
3.催芽南瓜发芽需要的最适温度为28~30℃，有条件的可用恒温培养箱进行恒温催芽，将经浸种后的种子用湿布包好，放入28~30℃恒温箱内即可。也可采用如下简便方法催芽：电热毯催芽将能正常使用的电热毯平铺放好，电热毯下可垫一层棉被等物以利保温，然后将准备好的塑料薄膜平铺电热毯上，将用于催芽的毛巾等经开水消毒后，用手拧干（手拧毛巾时不滴水但手指间有水渗出为宜），铺放在塑料薄膜上，将浸种消毒后的南瓜种子稍沥干，平铺在毛巾。
