咖啡喝起来苦苦的原因包括三个：
一、褐色色素。
根据分子大小不同，褐色色素也有大致的分类，大分子褐色色素的苦味更强。随着烘焙程度的加深，褐色色素的量会增加，大分子褐色色素的比例也会增加。所以，深度烘焙的咖啡豆的苦味和质感更强。
二、环缩二氨酸
环缩二氨酸是氨基酸与蛋白质在加热后形成的，但是如果形成的分子结构不同，其苦味的程度也不相同。
三、绿原酸内酯
在烘烤咖啡豆时，会激发一个连锁反应，绿原酸首先被分解成绿原酸内酯，如果烘烤继续进行，绿原酸内酯又会分解成另一种物质，苯基林丹（phenylindanes）。尽管在轻度和中度烘烤程度的咖啡中，内酯只会产生温和的苦味，但是，如果咖啡豆烘烤时间比较长，内酯的二次分解产物就会产生浓烈的苦味
