一般情况下，虚开增值税发票犯罪给国家造成的损失比较容易计算，但当行为人既为自己虚开进项发票又为他人虚开销项发票时，如何计算给国家造成的损失，理论和实践中就有不同的看法。
第一种意见认为，虚开增值税专用发票犯罪，既包括为自己虚开，也包括为他人虚开，故给国家造成的损失应是给他人虚开的销项税款和为自己虚开的进项税款之和。
第二种意见认为，如果被告人开办的是皮包公司，不做任何生意，则造成的损失只计算给他人虚开的销项税款，而不计算给自己虚开的进项税款，因为他没有向国家交税的义务。
第三种意见认为，给国家造成的损失如何计算的问题，关键是看行为人有没有经营活动。如果自己虚开进项增值税发票是为了抵扣自己实际经营的税款额，则进项税款亦应记入给国家造成的损失额；否则只计算为他人虚开的销项税额。
上述三种观点中，第一种观点明显错误。依照《增值税暂行条例》规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理、修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人，应当依照本条例规定交纳增值税。在生产经营活动中，销货方销售货物或提供应税劳务，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。购货方购进货物或接受应税劳务，所支付或负担的增值税额为进项税额，准予从销项税额中扣除。从该规定中，可以看出，只有发生实际的经营活动，才产生向国家交纳增值税的问题，也即只有当行为人一方有实际的经营活动，而用虚开的增值税发票进行抵扣的时候，才会出现国家税款损失的情况。第一种观点没有考虑到行为人是否有实际的经营活动，因此是不正确的。第二种观点与第三种观点比较接近，不过，第三种观点更为全面。如果行为人既为他人虚开销项增值税发票，而自己又有实际经营，对于自己实际经营销售部分的货物，用他人或自己虚开的增值税进项发票进行了抵扣，则给国家造成的损失是其虚开的销项发票受票方抵扣的税额加上其自己或他人为其虚开的进项税额且已向国家申报抵扣了的税额之和。在司法实践中，由于对如何计算虚开增值税发票给国家造成的损失的方法不同，从而对被告人作出的判决也轻重不一。
收到虚开的增值税发票的处理方法：
纳税人接受虚开的增值税专用发票，应当区分不同的情况进行处理。当纳税人是善意的取得对方虚开的增值税专用发票，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）的规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
当有证据表明购货方在进项税款得到抵扣、或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，对购货方应按《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[1997]134号）和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》（国税发[2000]182号）的规定处理。即，对于购货方从销售方取得第三方开具的增值税专用发票以及从销货地以外的地区取得的增值税专用发票，无论购货方（受票方）与销售方是否进行了实际的交易，增值税专用发票所注明的数量、金额与实际交易是否相符，购货方向税务机关申请抵扣进项税额或者出口退税的，对其均应按偷税或者骗取出口退税处理。
