(1)按照是否有感染，分为感染性和非感染性的腹泻两种。
感染主要是病毒或细菌传人、寄生、致病，这一类俗称肠炎。
轮状病毒(秋冬腹泻)和诺瓦克病毒是病毒性肠炎的两种最常见病原，导致较严重的蛋花汤样或者水样腹泻。
细菌性肠炎主要有两种：肠毒素致病和“侵袭”致病。这两种都是急性的肠炎。产肠毒素细菌进入肠道后繁殖、产毒，主要导致水样腹泻，而侵袭性更为严重，比如大肠杆菌0157，痢疾杆菌导致的痢疾(只有痢疾杆菌导致的才叫痢疾，不是所有的急性腹泻都是“痢疾”)，可能有脓血便，以及恶心、呕吐、腹痛、高热等“中毒症状”。
无感染的最常见一种就是食物性的腹泻，由于食物淤积在上消化道，导致胃酸度下降，肠道内细菌上移，产生短链有机酸和毒素，引起腹泻。
母乳喂养的小婴儿容易出现一种“生理性腹泻”，主要是小婴儿肠道黏膜乳糖酶缺乏，母乳中的乳糖不能被分解，下至结肠被细菌分解，产生大量气体(甲烷等)和乙酸，导致腹泻。
(2)按照大便化验是否见白细胞，可以分为两类：
一类无白细胞或仅有少量，包括病毒性腹泻(虽为水样便，但有“自限性”，一般一周即可痊愈)，食物性腹泻(积食)，生理性腹泻，吸收不良性腹泻，过敏性腹泻等。
另一类有较多白细胞，属于“侵袭性感染”，常见于痢疾杆菌、耶尔森菌等感染。
