企业之间的对账函加盖公章或加盖财务专用章都可以。两种印章都具有同等法律效力。
财务专用章用于单位或集团内内部的现金、银行收付业务（内部借款、往来结算）；单位对外的现金、银行收付业务（预留银行印鉴、支票、汇票、业务委托书等）、以及其他外部业务（如工商部门备案等用途）等。
扩展资料：
新规定
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
《发票管理办法实施细则》第二十二条开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
2011年2月1日起施行。
原规定：
1993年发布的《中华人民共和国发票管理办法》具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖财务专用章或发票专用章。
关于明确已套印财务专用章发票处理办法的通知
桂地税发[2011]32号
2011-3-29发文单位：自治区地方税务局自治区国家税务局
各市、县（市、区）地方税务局、国家税务局，各市地方税务局、国家税务局直属机构，自治区地方税务局直属税务分局：新《中华人民共和国发票管理办法》（以下简称《办法》）自2011年2月1日起正式施行。
新《办法》取消了可在发票上加盖财务专用章的规定，明确发票只能加盖发票专用章。考虑到新《办法》实施前，部份单位和个人已在领用的发票上套印（加盖）财务专用章，为避免不必要的浪费，减轻纳税人负担，现将已套印（加盖）财务专用章发票的处理办法明确如下，请遵照执行。
一、新《办法》实施前，如已在发票上套印（加盖）财务专用章，且在新《办法》实施后开具的，必须在发票上补盖发票专用章。
二、新《办法》实施后，已向消费者或付款方开具了只套印（加盖）财务专用章、未盖有发票专用章的发票，如消费者或付款方要求加盖发票专用章的，发票开具方应补盖发票专用章。
参考资料来源：
