不会扣分，是合法操作。
从描述来看，左转弯进入待转区突然绿灯变红灯了，虽然中间没有黄灯过渡，但是也是在绿灯亮时通过“停止线”的，根据《道路交通安全法实施条例》中的相关规定，只要能够在亮红灯前，车子过了停止线的，就可以继续通行，不算闯红灯。
“左转弯待转区”是指当同向直行道绿灯亮时，左转弯车道的车辆必须前移到待转的区域，等待信号灯变化，才能转弯。左转弯的车道增加了数米长的白色虚线框，直接连接到了马路中间。这些白色虚框线就是设置的“左转弯待转区”。
扩展资配正料
安全通过左转弯待转区
1、前方信号灯直行和左转信号灯红灯亮时，车辆不得进入“左转弯待转区”，需要在停车线外等待，否则就是闯红灯行为，扣6分。
2、当同向直行信号灯绿灯亮时，左转弯的车辆进入左转待亩伏转区，等候放行信号（即使此时左转弯灯是红色的）。
3、当左转弯信号灯绿灯亮时，等候在待转区的车辆应迅速通过路口。
4、黄灯亮起，还未进入待转区的车辆，应该停在左转培耐悔车道停车线前，不能抢左转黄灯继续往待转区里面挤。
参考资料来源：中国人大网--道路交通安全法实施条例
参考资料来源：百度百科--左转弯待转区
