专用凭证和通用记账凭证的区别如下：
1、处理方法不同
专用凭证应按年计算，分月或分季预缴。每月终了，企业应将成本费用和税金类科目的月末余额转入“本年利润”科目的借方，将收入类科目的余额转入“本年利润”科目的贷方。
然后再计算“本年利润”科目的本期借贷方发生额之差。贷方余额则为企业实现的利润总额即税前会计利润，借方余额则为企业发生的亏损总额。
而通用记账凭证认为,所得税会计的首要目的应是确认并计量由于会计和税法差异给企业未来经济利益流入或流出带来的影响,将所得税核算影响企业的资产和负债放在首位。而收益表债务法从收入费用观出发,认为首先应考虑交易或事项相关的收入和费用的直接确认,
从收入和费用的直接配比来计量企业的收益。
2、目的不同
专用凭证就是把产品卖好，让产品好卖营销策略主要目的是了解产品的潜在市场和销售量，以及竞争对手的产品信息。只有对掌握了市场需求，才能做到有的放矢，减少失误，从而将风险降到最低
而通用记账凭证面临的是一个动态的市场环境，为实现企业既定的营销目标，营销策略应当根据市场的变化及时调整价格决策的目标。
3、核心要点不同
专用凭证给企业带来新的机会，也可能带来新的难题，如新的法律、新的政策的实施，对企业营销可能产生有利或不利的影响，掌握环境的发展趋势是企业制定战略计划的重要前提。
而通用记账凭证避免和声誉较高的名牌商品展开正面竞争。名牌商品都处于高度的商品保护地位。
4、开发票时填写的信息不同
销售方需要在专用凭证的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。购买方为企业的凭证，索取专用凭证时，应向销售方提供统一社会信用代码。
而销售方为其提供通用记账凭证时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
通用记账凭证是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的发票代码不同，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。
5、格式不同
专用凭证的格式、字体、栏次、内容与增值税专用发票完全一致，按发票联次分为两联票和五联票两种，基本联次为两联，第一联为记账联，销货方用作记账凭证；第二联为发票联，购货方用作记账凭证。
而通用记账凭证第二联（发票联）采用防伪纸张印制。代码采用专用防伪油墨印刷，号码的字型为专用异型体，第一联为发票联，销货方用作记账凭证；第二联为记账联。
6、内容不同
专用凭证，即对被审计单位的内部控制政策和程序的设计是否适当所进行的审计程序。
而通用记账凭证，即被审计单位的内部控制政策和程序是否发挥应有的作用。如果被审计单位的控制政策和程序未能发挥其应有的作用，即使设计得再完整，也不能减少财务报表中出现重大错报或漏报的风险。
参考资料来源：
