当被告人因被提起公诉而进入审判阶段，这时主要的任务是解决被告人的刑事责任问题，同时直接决定被告人的自由、财产甚至生命权，刑事诉讼人权保障活动也达到了最后、最为关键的时刻。我国学术界普遍认为，刑事诉讼的目的是惩罚犯罪和保障人权，二者是对立统一、辩证的关系。有学者却认为，这一提法并不科学、严谨，理由是保障人权和犯罪并不能作为两个平等、对立、统一的范畴存在，比如，不惩罚犯罪时可能保护了被告人的某些人权，但同时却可能侵害了被害人的人权，而惩罚犯罪时可能保护了被害人的人权，但同时却可能侵害了被告人的某些人权。所以严格来讲，“惩罚犯罪与保障人权的辩证关系”只能适用于被告人，也就是说，在被告人身上，惩罚犯罪与保障人权才是对立统一的。所谓统一，一方面，正确地惩罚犯罪离不开对被告人程序性权利的保障，如果在刑事诉讼中违反宪法、刑事诉讼法有关权利保障的规范，滥用司法权力、不尊重被告人的人格，甚至刑讯逼供、诱供等，往往造成冤假错案，因此，追求正确惩罚犯罪，就不能忽视对被告人的人权保障。另一方面，保障人权也离不开正确惩罚犯罪，如果不去查明案件事实、惩罚犯罪，不仅被害人的实体权利得不到维护，被告人的实体权利也受到了侵害。所谓对立，是指惩罚犯罪与保障人权在有些情况下会发生冲突，为实现国家的刑罚权，强制力的行使多少会影响犯人和第三者的正常权利，所以如何调整这两者的对立，从某种意义上来说是刑事诉讼中所有问题产生的根本原因。
要加强对刑事诉讼被告人的人权保障，保证审判的公正性，我国的刑事诉讼制度应从以下几方面加以改革。
——强化刑事诉讼中被告人的防御性诉讼权利。其中最重要的是沉默权，在整个诉讼阶段，赋予被告人保持沉默的权利，可以使其在面对强大的国家追诉机关时，避免被刑讯逼供等野蛮待遇，杜绝追诉机关企图通过被告人获取有罪证据的思想，加大其积极侦查、寻找证据的压力。沉默权的规设符合现代刑事诉讼构造理论的目标，是当前被告人最急需得以保障的一项权利。
另外，及时获得律师的帮助也是被告人的一项重要防御性诉讼权利。首先，应扩大法院指定辩护的范围，不再局限于刑事诉讼法第三十四条规定的三种被告人才能接受法律援助，并将法律援助提前到侦查阶段；其次应允许律师在侦查阶段就介入刑事诉讼，及时收集犯罪嫌疑人无罪、罪轻的证据，尽早提出辩护意见，监督司法人员严格执法，真正保障被告人在侦查阶段的诉讼权利，并为庭审中辩护权的行使提供保证；在条件成熟的情况下，还可以赋予辩护律师在犯罪嫌疑人被讯问时的到场权、自行侦查权、了解案件真情权等。如果律师能参与全部刑事诉讼过程，可使被告人的权利保障少受其因自身知识、能力、经验、人身自由被限制等不利因素的影响，这一点对我国目前大部分公民文化、法律水平不高，司法工作人员业务水平参差不齐的国情下尤显迫切和重要。
——完善刑事诉讼证据规则。首先要设立庭前证据开示制度，公诉机关移送起诉时应移送所有证据，包括对被告人有利的证据，也可让辩护方将自己的证据庭前提交法庭。当前对证据开示的具体操作方法尚有分歧，笔者较为赞同参考大陆法系的预审庭制度。
其二，设立非法证据排除规则。现行立法对非法证据的宽容，甚至纵容的态度导致司法实践中刑讯逼供、非法获取实物证据等侵犯被告人人权现象的大量存在。庭审中又缺少违法证据的排除规则，使得侦查和起诉阶段所获取的证据材料都可以在法庭上畅通无阻，法庭无法有效限制，大都全部采纳。本来被告人在代表国家权力的侦查、起诉机关面前已处弱势，现在法庭对违法证据又不加排除，从这个意义上来说，侦查、起诉机关就相当于法庭，因为他们的证据都是正确的，不被推翻的，被告人面临的仍是公、检、法三家联合的审判，我们的诉讼制度改革价值又体现在哪里。学者们一致认为，要真正实现控辩式庭审方式，由控辩双方直接向法庭举证，就必须有相应的证据规则，才能保证案件事实的可靠性及诉讼的效率。目前，我们可以根据本国的现实状况，设置一些例外规则，但以立法明确确立非法证据排除法则已势在必行。
其三，设立传闻证据规则。现代国际标准的刑事诉讼，都重视直接原则和言词原则，要求当庭对证人证言和其他证据进行质证，这就是传闻证据规则。根据这一规则，证人在法庭外就案件事实所作的陈述内容被他人以书面方式提交给法庭，或者被另一出庭的证人向法庭转述或复述出来的证言均为传闻证据，均不能在法庭上提出，也不能成为法庭据以对被告人定罪的根据。这一规则的设立要求证人包括鉴定人员均须实际出庭作证，实实在在给控辩双方及法庭，更重要的是给被告人这一方提供与证人直接接触，并获得询问、质证和当面听取其陈述的机会。当然，居于我国国情，我们不可能一步就做到这一点，可以从完善证人作证的保护与惩罚等相关制度，渐渐缩小例外情形做法，以达到对传闻证据的彻底排除。
——实现控辩双方平等武装。受以阶级专政为基础的国家观理论影响，我国检察机关与人民法院一样均是国家的专政机关，因二者在机构性质、任务、目的定位上的同一性，且作为整体的法院和作为个体的法官尚不能获得实质意义上的司法独立，导致控审不分的问题无法实质解决。这种情况下，作为专政对象的被告人是注定不可能与检察院处于平等的诉讼地位。其次检察机关又兼法律监督者的角色，既是运动员又是裁判员，不但被告人的权利被侵害无法得到维护，甚至法官作为被监督者也会不自觉在情感上趋向于控方，难以保持审判中立的地位。所以如何从体制上保证法院及法官的司法独立地位，把检察机关的控诉和监督职能分离，将公诉机关的地位与被告人地位差距缩小，是保护被告人诉讼权利的重要保障制度之一。
——转变观念，正确认识诉讼价值及诉讼的国际标准，正确认识控、辩、审三方的相互关系与法律地位。解决问题应追根溯源，今天局面的出现，是与我们的思想、制度根源脱不了干系的。在诉讼价值的认识上，我们长期重社会控制，轻人权保障；在刑事司法实务中，既不重视对涉诉公民自主权利的保障与尊重，也不强调对国家司法权的制约与监控；诉讼程序工具主义、重实体、轻程序观念的蔓延，导致违法取证及侵犯当事人的权利等现象。所以，诉讼的价值观应向“均衡”原则转变，在兼容并蓄的基础上实现自由与秩序、公正与效率的协调。在诉讼的国际标准问题上，应克服唯国情论，随着国际人权领域交流对话的增多，全球经济一体化的加剧，不能在这一方面闭关自守，应渐渐抛弃国家本位、权力本位、义务本位陈旧的观念，学习国外先进的立法经验，多以权利本位检视、修订现有的诉讼制度，向国际标准靠拢。作为司法机关，应正确认识自己所处的法律地位。检察机关是作为国家的代表，力图通过行使控诉职能来实现刑事实体主义，维护社会治安与秩序。法院则不像检察机关那样承担追究犯罪的职责，其所维护的是国家更高层次的利益，维护国家法律的正确实施，实现法治与正义。法院必须保持独立，倘若完全站在国家立场上必然失去公正；当被告人与国家利益发生冲突时，司法的天平必然偏向国家。司法是刑事被告人人权保障的最后一道屏障，只有树立控辩平等、裁判中立的诉讼观念，被告人的人权才能从全局上得到保障，同时也为我国的司法制度改革提供基本的、正确的指导思想。
