植物病害的流行受到寄主植物群体、病原物群体、环境条件和人类活动诸方面多种因素的影响，这些因素的相互作用决定了病害流行的强度和广度。
大面积种植感病寄主植物是病害流行的基本前提。感病的野生植物和栽培植物都是广泛存在的。虽然通过抗病育种已经选育了高度抗病的品种，但是所利用的主要是小种专化抗病性，在长期的育种实践中因不加选择，而逐渐失去了植物原有的小种非专化抗病性，致使抗病品种的遗传基础狭窄，易因病原物群体致病性变化而“丧失”抗病性，沦为感病品种，而使已经得到控制的病害重新猖獗。
病原物群体内部有明显的致病性分化现象，具有强致病性的小种或菌株、毒株占据优势，往往酿成病害大流行。有些病害病原物抗逆性强，越冬或越夏存活率高，初侵染菌源数量较多，或者初侵染菌源虽然不多，但能够大量繁殖和有效传播，短期内能积累巨大菌量，这些病害都具有大发生的潜势。对于生物介体传播的病害，传毒介体数量也是重要的流行因子。
农业规模经营和保护地栽培的发展，往往大面积种植单一农作物甚至单一品种，从而有利于病害的传播和病原物增殖。大面积种植单一抗病品种，或具有相同抗病基因的品种，往往对特定病原物中的危险性小种，发挥强大“定向选择”作用，使之迅速成为优势小种。正是在这个意义上，有人将现代农作物病害的大发生，称为病害的“人为流行”。
在寄主植物感病，病原物亦有足够数量时，环境条件便成为病害流行的关键因素。环境条件主要包括气象因子、土壤因子、栽培措施等。在诸多环境因子中，以气象因子的作用最重要。温度、水分（包括湿度、雨量、雨日数、雾和露等）和日照等因子既影响病原物的繁殖、传播和侵入，又影响寄主植物的抗病性，从而影响大范围的病害流行。不同病害对气象条件的要求不同。例如，高湿多雨的天气容易引起晚疫病的流行，而对白粉病则有抑制作用。
寄主植物在不适宜的环境条件下生长不良，抗病能力降低，可以加重病害流行。例如，水稻抽穗前后遇低温阴雨天气，稻株组织柔嫩衰弱，易感染穗颈稻瘟病。
土壤因子包括土壤的理化性质、土壤肥力和土壤微生物等，往往只影响病害在局部地区的流行。各种栽培管理措施可以改变或调节寄主、病原物和环境诸因子而影响病害流行。
在诸多流行因子中，往往有一种或少数几种起主要作用，被称为流行的主导因子。地区之间或年份之间流行因子的差异，特别是主导因子的变动，造成了发病的地区差异和年际波动。对于前者，按照病害流行的差异可划分为病害常发区、易发区和偶发区。常发区是流行的最适宜区，易发区是病害流行的次适宜区，而偶发区为不适宜区，仅在个别年份有一定程度的流行。病害流行的年际波动以气传和生物介体传播的病害最大，根据各年的流行程度和损失情况可划分为大流行、中度流行、轻度流行和不流行等类型。
