离开公司一年多了，有纠结还能处理吗

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条之规定：
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
因此你所遭受的多扣工资的损害已经无法维权。
劳动在在职期间，工作上给用人单位造成一定损失的，如果用人单位有证据证明的，用人单位是可以申请劳动仲裁，要求劳动者进行一定赔偿的。