档案和党组织关系是相互独立的，是可以分开的，是否一起转就由你自己决定了，最好就跟档案放在一起咯，当然也可以转回你户口所在地的社区党组织（就是居委、村委之类的），具体的程序要问当地的人才才市场，各地的具体程序可能有所不同。
另外说一下，如果你的档案和党组织关系的去向不一致的话，记得你的党组织材料要从档案里拿出来，由你自己拿到你转入的党组织去办理转入手续，如果党组织关系跟档案一起转的话，那么党组织材料就放在档案里一起寄就可以了。
拓展资料：
党组织关系转接要求
1、开具党员组织关系介绍信要使用统一式样的"中国共产党党员组织关系介绍信"，用钢笔或毛笔填写，字迹要清楚，不得涂改。应在介绍信和存根上注明有效期。党员组织关系介绍信必须加盖公章，并加盖骑缝章。介绍信的有效期可根据具体情况确定，一般不应超过3个月。党员组织关系介绍信由党员自己携带，不能携带的，应由机要交通或机要邮政转递。
2、党员组织关系介绍信一旦丢失，要及时向所在单位党组织或最后办理转移组织关系的党委组织部门报告，由组织部门进行审查。如果确系本人不慎，由最后办理转移组织关系的党组织予以补转，并立即通知接收单位党组织，原介绍信作废。对丢失介绍信的党员，应给予批评教育，情节严重的还要给予适当的党纪处分。
3、党员应及时转移党组织关系，对过期的党员组织关系介绍信，组织部门要调查了解。无正当理由不及时转移组织关系，要予以严肃的批评和教育。其中超过六个月不参加组织生活的，按照党章规定作自行脱党处理。过期的党员组织关系介绍信作废，由开出介绍信单位另行补转。
4、党委在党员组织关系转接过程中要及时做好党员档案的转接工作，转出单位要及时把转出党员的档案及时寄往转入单位；转入单位要主动和转出单位联系。
参考资料：百度百科：党组织关系转接
