给职工缴纳补充养老保险不需要扣除个人所得税。
财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10号)第一条规定：“企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。”
《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》(财税[2005]94号)第一条关于单位为个人办理补充养老保险退保后个人所得税及企业所得税的处理问题规定，单位为职工个人购买商业性补充养老保险等，在办理投保手续时应作为个人所得税的“工资、薪金所得”项目，按税法规定缴纳个人所得税;因各种原因退保，个人未取得实际收入的，已缴纳的个人所得税应予以退回。
国家税务总局《关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》(国税函[2005]318号)规定，依据《中华人民共和国个人所得税法》及有关规定，对企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业向保险公司缴付时(即该保险落到被保险人的保险账户)并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。
