《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》规定，企事业单位按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，是可以免征个人所得税的；个人按照国家或省、自治区、直辖市人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，可以在个人应纳税所得额中扣除。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应该将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入征纳个人所得税。在该文件规定的免税项目中，并不包括补充医疗保险，因此，补充医疗保险个税也是要缴纳的。
关于补充医疗保险个税，也并不是全部都要缴纳。北京市基本医疗保险规定中就明确规定，企业补充医疗保险费在本企业职工工资总额的百分之四以内的部分，可以列入成本并准予税前扣除。很多企业在平安保险商城中为员工购买了小微企业团体意外险。平安团体意外险提供因意外事故造成的伤害、身故、残疾以及意外医疗保险金，并有意外住院误工和护理津贴，还提供电话医疗服务和医疗费用垫付服务，是社会基本医疗的极好补充，虽然属于商业补充保险，但并不用缴税，是企业为员工提供的最好福利。
