上航的货运发展迅速。自2005年上航首次引进MD—11全货机以来，现已开通了上海至德国、泰国、日本、香港、澳门等国家、地区的全货运航线。
长期以来，上航与国内外多家航空企业开展了广泛的商务合作，联运合作伙伴近50家，而与世界民航最大联盟—“星空联盟”成员的合作成为了上航对外合作的重点。
2005年，基于上航与星空联盟伙伴的密切、极具空间的合作，上航向星空联盟提出了加入申请。至2005年12月9日，星空联盟16家成员全票通过了上航成为星空联盟观察员，并将适时批准上航成为星空联盟的正式成员。
上航的安全运营保障卓越。2004年，上航获得了由国际航协（IATA）颁发的“IOSA运行安全审查合格证书”。由此，上航成为了北亚地区及中国民航界第一家获得该项高标准认证的航空公司。
上航以其良好的安全记录、高质量的服务水准、先进的企业文化和卓有成效的经营管理，取得了良好经济效益和社会效益。公司的净资产比创立时翻了20多倍。2003年荣获中国民航最高安全奖“金雁杯”；上航荣获中国民航2005年度“旅客话民航”第一名。上航航班正点率始终保持了行业先进水平，2003年获得全国民航第一名、2004和2005年获得全国民航航班准点第二名。
上航在战略发展过程中，形成了“主业突出，两翼齐飞”的战略。上航在2004年7月受让了原中国联合航空公司，2005年10月25日中联航正式复航重返蓝天。上海货运航空公司将在2006年组建完成正式起飞。与此同时，上航已经形成了“航空、旅游、宾馆”较为完整的产业链。第一个“上航假日酒店”于2006年2月18日开业迎客。
2006年是上航实施“十一五”发展规划的第一年，上航将立足上海航空枢纽港，不断拓展国际发展空间，正朝着把上航办成“国内最好、顾客首选、具有国际水平”和“国际化、枢纽化、集团化航空公司”的目标努力奋斗。
2007年12月12日，加入星空联盟。
