第一,可以向劳务派遣地或者用工所在地申请劳动仲裁,约定按约定处理,所以你应向约定的甲方所在地申请劳动仲裁,但是,既然上海人才可以外派你到天津工作,就是说明伤害人才在天津是有办事机构或者分公司的。
第二,交通报销费用和业绩提成属于你们公司内部的事情,原则上不能以此为由申请劳动仲裁,此外,住房公积金是用人单位选择缴纳,你看你的合同有没有约定必须缴纳住房公积金,没有的话是无法申请支付的,还有就是最高法院已经明确了,社保和公积金争议法院不受理,要到劳动局申请维权。
最后,建议你带着劳动合同和相关材料先到你公司所在地的区县人力资源和社会保障局咨询,