这种东西我建议用chemfig来画, 当然你一定要用矩阵也可以, 我给你各举一例, 细节你可以自己调整.
\documentclass{minimal}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\[
\chemfig{CH_2(-[2,0.8]Br)-[,0.8]C(-[2,0.8]Br)(-[6,0.8]CH_3)-[,0.8]CH_3}
\]
\[
\begin{matrix}
\mathrm{Br} & & \mathrm{Br} \\
| & & | \\
\mathrm{CH}_2 & - & \mathrm{C} & - & \mathrm{CH}_3\\
& & | \\
& & \mathrm{CH}_3
\end{matrix}
\]
\end{document}