1998年，我所完成了广东省首例心脏移植术，2003年完成了广东省首例心肺联合移植术。
近3年，研究所科研人员完成了一系列高难度的新生儿、婴幼儿先心病外科手术，大部分在国内是首次完成，部分达到国际先进水平。2007年成功地为出生仅9小时的复杂先天性心脏病患儿施行大动脉调转术，这是迄今为止国内最小新生儿先心病患者成功地接受复杂外科治疗。现在，研究所每年完成先心病外科手术已达1200多例，其中体重小于3公斤、年龄在3个月以内的重症复杂先心病患儿300多例，总手术死亡率2.9%，接近国际先进水平，是目前我国开展新生儿小婴儿心脏外科手术最多、水平最高的单位之一。近年在国内率先开展了可调式房间隔造口手术，室间隔缺损补片开窗大动脉调转术，婴儿室缺未修补姑息性大动脉调转术，婴幼儿种植法冠状动脉移植术、婴幼儿REV手术、NorWood手术等，使许多过去无法医治的复杂重症先心病人获得新生，缩小了我国婴幼儿先心病治疗与国际先进水平的差距。
2007年，心外科完成各类手术3000多例，手术总死亡率3.3%；心内科的介入性心脏病治疗手术达6950例，成功率99.5%。
大量经治的心血管病患者，需要长期的门诊随访治疗。心血管病专科门诊部设有心内科、心外科、心儿科和心血管中医科，每年门诊量近30万人次。各科均开设专家门诊和专科门诊。应诊医生均为具有丰富临床经验的高年资主治医师以上的技术骨干，其中80%具有副主任医师以上职称。随着医学技术的发展，对心血管疾病的治疗理念在不断更新和进步。为此，先后开设了多个亚专科门诊，如冠心病专科门诊、高血压专科门诊、心房颤动专科门诊、代谢综合征专科门诊、慢性心力衰竭门诊及心儿科专科门诊、双心门诊等，对各类病人进行更专业、更系统的治疗和随访，有效地控制疾病的进展，预防并发症的发生。
