研究所的临床医疗水平之所以能不断提高，长期走在国内领先行列，其动力的源泉在于强大的科研工作。在现有380名技术人员中，有295人从事临床应用技术研究，占77 %。从1978年— 2007年，共有131项科研成果获得奖励。其中，国家级奖励14项，部省级奖励66项，省厅级奖励51项。在获奖的科研成果中，有126项推广应用于临床。每年获得国家自然科学基金资助项目，广东省自然科学基金，广东省重大科技攻关课题，世界卫生组织、国际大规模多中心循证医学课题共50多项。 “十一五”期间，在先心病外科，心脏介入治疗领域又承担了3项国家支撑计划课题。
