1909年利用美国退还庚子赔款，考选留美学生，成立「游美学务处」主其事。越二年勘定校址，筹设学校，称清华学堂。
1911年3月开学，旋以辛亥革命暂停。
民1年春，复课，「清华学堂」改称「清华学校」，仍为留美预备学校性质。
民14年成立国学研究所。开办大学部，设文、理、法三学院。
民17年改称国立清华大学。
民18年正式成立研究院，分文、理、法三部；大学部第一届学生亦于是年毕业。民21年增办工学院。
民26年对日抗战军兴，南徙长沙，与北京大学、南开大学合组为国立长沙临时大学。
民27年长沙临大迁昆明，改称国立西南联合大学。
民34年抗战胜利，西南联大仍继续课业，三校同时分别开始筹划复员工作。
民35年秋，本校复员北平，并增设农学院。
民44年中美两国订立原子和平用途协定，政府决定设立原子科学研究机构，发展原子科学之研究，乃电召梅贻琦校长返国筹议。组设清华大学研究院筹备委员会，勘定校址于新竹，筹划复校，创办原子科学研究所。
民45年1月，在台北成立筹备处，聘陈可忠为主任，正式展开筹备工作。7月，原子科学研究所成立，招考第一届研究生。
民50年具有壹千功率之水池式核子反应器（原子炉）一座，完成初步临界运转，开始作业。一方面适应教学研究需要，一方面配合国家政策，展开原子能和平用途之推广工作，是为中国进入原子能时代之里程碑。
民51年5月19日梅校长病故，陈教务长可忠奉命代理校务（“民54年”真除）。夏，本校鉴于数学之重要与日俱增，国内大专学校数学师资至为缺乏，为培植数学研究人材，充实大专数学师资，并加强原子科学研究之数学课程，增设数学研究所。
民52年春，数学研究所招考第一届研究生。
民53年“政府”鉴于培植科学基础人材，适应国家发展科学教育之需要，指令本校恢复大学部，设置核子工程及数学两学系，参加联合招生。
民54年增设物理学系。
民55年增设化学系。原子科学研究所之物理组，以数年来之经营，设备渐臻充实，青年物理学家返国来校任教者，亦渐增多，乃于秋季成立物理研究所，招收第一届研究生。
民56年设立物理研究所博士班。
民57年原子科学研究所化学组，亦以成立物理研究所同样情形成立化学研究所，招收第一届研究生。
民58年7月陈校长可忠退休，阎振兴先生继任校长。
民59年6月阎校长调任立台湾大学，本校校长由徐贤修先生继任。原子科学研究所核工组改设为原子核工程研究所。
民61年增设应用化学研究所、应用物理研究所、应用数学研究所、材料科学工程学系、工业化学研究所、工业化学系、动力机械工程学系。
民63年增设分子生物研究所、工业工程学系及化学研究所博士班，均开始招生，并将原有所系分设三学院，即理学院、工学院及原子科学院。
民64年9月，徐校长奉命转任国家科学委员会主任委员，本校校长由张明哲先生继任。
民65年增设电机电力工程系，电子计算机中心成立。
民66年增设电机电力工程研究所（于六十八学年度起更名电机工程研究所，电机工程学系），计算机管理决策研究所及辐射生物研究所。
民67年增设高分子研究所。
民68年工业化学研究所增设博士班，均于当年招生。
民69年增设工业工程研究所，大学部增设中国语文学系；工业化学研究所、工业化学系更名为化学工程研究所、化学工程学系。
民70年增设动力机械工程、材料科学工程、原子核工程研究所博士班。核子工程学系自七十年度开始招生。8月，张校长调国家科学委员会主任委员，本校校长由毛高文先生继任；10月，研究发展委员会成立。
民71年数学所增设博士班，大学部增设外国语文学系；4月，本校成立长期发展委员会，订定五年发展计划。
民72年3月，开始规划行政业务电脑化作业系统；8月，物理研究所、应用物理研究所合并为物理研究所；化学研究所、应用化学研究合并为化学研究所；计算机管理决策研究所、电机工程研究所增设博士班；为配合推动国防科技发展之基本需要，与中山科学院合作成立自强科学研究中心；9月，开始设置辅系；年底，为推动跨院所系的教学与研究，成立校内各研究中心，次年又相继成立原子科学技术发展中心及科仪中心。
民73年增设人文社会学院、经济学系、分子生物研究所博士班；化学工程研究所与高分子研究所合并为化学工程研究所；与工业技术研究院合作成立材料科学中心。
民74年5月，视听中心成立；8月，增设历史研究所硕士班及工业工程研究所博士班，分子生物研究所更名为生命科学研究所，原子核工程研究所更名为核子工程研究所。
民75年8月，应用数学研究所增设博士班，原子科学研究所取消保健物理与放射化学分组以及增设语言学研究所硕士班，动机、电机两系成立双班；9月，开始实施双学位制。李远哲校友荣获诺贝尔化学奖。
民76年8月，毛校长调任教育部部长，本校校长由刘兆玄先生继任，同时增设社会人类学研究所硕士班及原子科学研究所博士班。
民77年8月，增设统计学研究所、经济学研究所硕士班，同时计算机管理决策研究所更名为资讯科学研究所。
民78年8月，增设文学研究所硕士班、统计学研究所博士班及辐射生物研究所博士班。
民79年8月，增设资讯工程学系及语言学研究所博士班。
民80年8月，增设生物医学研究所硕士班及生命科学系。
民81年5月，共同学科改为通识教育中心。7月，增设生命科学院，同时将生命科学系、生命科学研究所、生物医学研究所改隶于生命科学院。8月，增设原子科学系。
民82年2月，阿冈诺反应器除役工程开始，全程约费时二个月。2月27日，刘兆玄校长调任交通部长，校务由教务长李家同先生暂行代理。12月，化工新馆落成。
民83年1月28日，新任校长沈君山先生就任为首任经由遴选产生之校长。8月，增设工程管理研究所硕士班、哲学研究所硕士班、文学研究所博士班。
民84年8月，设立教育学程，又配合新大学法调整所系架构，将研究所并入性质相近学系。
民85年成立电子工程研究所硕士班、博士班，历史研究所博士班，及社会人类学研究所人类学组博士班。
民86年8月，成立生物技术研究所（硕士班）。
民87年2月，新任校长刘炯朗上任。同时成立电机资讯学院，设有资讯工程学系、电机工程学系、电子工程研究所。辐射生物研究所并入生命科学系，社会人类研究所分设为社会研究所硕士班与人类学研究所硕士班、博士班。工业工程学系改名为工业工程与工程管理学系。
民88年8月，成立通讯工程研究所硕士班、博士班。
民89年8月，成立科技管理学院，设有科技管理研究所、科技法律研究所、计量财务金融学系。
民90年8月，成立天文研究所硕士班、资讯系统与应用研究所硕士班。
民91年2月，新任校长徐遐生上任。8月，成立微机电系统工程研究所硕、博士班、台湾文学研究所硕士班，人文社会学士学位学程，生命科学院调整为生命科学系、分子与细胞生物研究所硕、博士班、分子医学研究所硕、博士班、生物资讯与结构生物研究所硕、博士班、生物科技研究所硕、博士班。
民92年创设还愿奖学金。8月，资讯工程学系学士班新增第3班、物理系学士班增设光电物理组、成立光电工程研究所硕、博士班及工业工程与工程管理硕士在职专班。
民93年1月，与新竹县政府签署协议书共同推动设立第二校区。8月，成立经济学系博士班及社会学研究所博士班。
民94年本校获教育部补助「迈向顶尖大学计画」前两年每年新台币10亿元；2月，电机资讯学院产业研发硕士积体电路设计专班成立。8月，宜兰园区筹备处成立；增设资讯系统与应用研究所博士班、科技管理研究所博士班、工学院产业研发硕士光电科技专班；经济学系由人文社会学院改至科技管理学院。
民95年2月，新任校长陈文村上任。6月，材料科学中心与奈米微系统中心合并为奈微与材料科技中心，校务会议通过「国立清华大学教师学术卓越奖励办法」及「国立清华大学讲座及特聘教授设置办法」。8月，原子科学系更名为生医工程与环境科学系，成立台湾研究教师在职进修硕士学位班、理学院学士班、科管院学士班；修正组织规程，秘书室调整为秘书处，下设综合业务组、议事及法规组、公共事务组、国际事务中心与校友服务中心。10月，召开第一次校务发展咨询委员会议。
民96年1月，迈向顶尖大学计画第一次实地考评。3月，召开中长程校务发展会议。7月，召开第二次校务发展咨询委员会议。8月，微机电系统工程研究所更名为奈米工程与微系统研究所，成立核子工程与科学研究所、国际专业管理硕士班、工学院院招生、人文社会学院院招生；增设计量财务金融学系硕士班、科技管理研究所硕士在职专班。11月，迈向顶尖大学计画第二次实地考评。
民97年2月，本校获教育部补助「迈向顶尖大学计画」后三年每年新台币12亿元。
