问得太宽泛了。档次差别不是很大的学校之间往往不是一个“强”字就能比较出来的。你得看哪个方面。
名声：台湾以外绝大部分地区都是北清更强。记得从前几年开始，北清开始成为全世界每年在美国拿到博士学位人群中人数最多的本科来源学校。基本上接触的美国教授大都听说过北清，北清学生的能力也是得到认可的，因此往往在出国申请中占有一定优势。
生源：这个没必要细说了，就单纯智商角度上来说北清的生源公认是世界级的（虽然最后成材率没高到哪去）。每年入学的新生都被问愿不愿意去香港那几所学校以及南洋理工，报名的基本上都去了（2000年左右，现在不知）。楼上说的更倾向于香港中文的就比较扯了，每年选择港校和清北的高分考生尤其是状元人数大都有案可查的，大多数人都留下来了。
师资力量：现在应该是台清较强，因为台湾大学教师很多都有美国博士学位。反观北清，建国后相当一段时间并不重视知识，个别教师甚至本科学位都没有，虽然学位低学识未必就差了，但这确是北清等大陆高校学术水平在世界上并不是很高的主要原因。不过北清现在有钱，大力挖人，一些很有实力的教授现在已在thu任教，这方面超过应该也只是时间问题。正如建校很短的港科大，靠高薪聘名教授也成为名校。
学术成果转化为产业：台清强一些，应该。他们有著名的新竹科技园，至少IT产业方面做的不错。大陆高校对产业界知识支持上就差不少恐怕，这个恐怕得等整体学术水平提高才能有改观。不过也看什么专业，计算机、电子等方面是台湾发展的重点，自然较强，一些传统工科、理科甚至是文科就不一定了。这在北清与港校的比较中也类似，港校依托香港优势，金融很强，但由于土地狭小，一些占地较大的实验没法开展，部分专业也并不出色。
如果你是要高考择校，我劝你要么清华北大，要么香港排名前几的学校。去前者，可以见识很多牛人，而且在大陆混的话校友资源和人脉都是很丰富的；去香港的好处在于视野更为国际化，而且有高额奖学金，对家境不好的高分生还是个不错的选择。当然，如果北清出来再去USA，这些又不算什么了……台湾高校是鸡肋，除非打定主意留台混，但杯具的是那边薪水又没香港高。
