研究所凝练了“重大疾病灵长类新型动物模型创制与新药研究”、“基因组进化的理论突破”、“家养动物及其野生近缘种基因资源发掘”等三个重点学科突破方向。
昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，设有4个专业二级学科博士研究生培养点，6个专业二级学科硕士研究生培养点，并设有1个专业一级学科博士后流动站。
博士后流动站：生物学
博士点（二级学科）：动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学
硕士点（二级学科）：动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学、生物工程 据2015年10月研究所官网显示，该所研究生先后获2篇全国百篇优秀博士论文，10篇中科院优秀博士论文，6人次获中科院院长奖学金特别奖，100多名研究生获院级各类奖励。新获国际人才交流项目4项，3名留学生获中国科学院——发展中国家科学院院长奖学金。
在2014年度中国科学院优秀博士学位论文（简称“院优博”）评审工作中：昆明动物研究所李明的博士学位论文“精神疾病的遗传学分析与功能研究”和姜雨的博士学位论文“酵母、眼镜蛇和绵羊的基因组与转录组分析”被评为中国科学院优秀博士学位论文。
在2011年度中国科学院优秀博士学位论文、优秀研究生指导教师奖评审中：昆明动物研究所博士研究生沈永义、张国捷、蔡晶的博士学位论文获得中国科学院优秀博士学位论文奖。
研究生毕业主要去向是生命科学领域中国国内外科研机构、高校从事研究和教学工作，大多成为科研、教学骨干。
