国家基本药物和医保药物在安全有效、成本效益比方面无明显差别，国家基本药物在“防治必需、保障供应、优先使用”方面属性更强。
2018年9月出台的《关于完善国家基本药物制度的意见》提出，医保部门按程序将符合条件的国家基本药物目录内的治疗性药品优先纳入医保目录范围或调整甲乙分类。所以国家基本药物和医保药物之间有交叉性。但两者也有一定的区别，却别如下：
1、国家基本药物和医保药物目录制定部门不同。
国家基本药物由国家卫生健康委员会制定，医保药物目录由国家医保局制定。
2、国家基本药物和医保药物目录版本不同。
国家基本药物最新是2018年版，医保药物目录最新是2017年版。
3、药品目录数量不同。
国家基本药物总品种由原来的520种增至685种，包括西药417种、中成药268种。在覆盖主要临床主要病种的基础上，重点聚焦癌症、儿童疾病、慢性病等病种，新增品种包括了抗肿瘤用药12种、临床急需儿童用药22种以及世卫组织推荐的全球首个也是国内唯一一个丙肝治疗新药。
医保药物分甲、乙类。西药部分甲类品种有315个，乙类品种有818个，中成药部分的甲类品种有135个，乙类品种有792个。工伤保险药品不分甲、乙类。
4、各省市地方调整政策不同。
国家基本药物除了国家调整外，其他各省市不得调整。而医保药物目录因分甲乙类药物，乙类药物地方上是可以调整的。
参考资料来源：百度百科-基本医疗保险药物
参考资料来源：百度百科-国家基本药物目录
