1、制定者不同
就目前法规来看，国家基本药物目录由国家制定并颁布，自2009年后，国家基本药物将全部自动进入各省的医保目录当中。
医保目录为各省制定，除必须包含的国家基本药物外，还可根据本省实际用药情况增加部分药物。
2、范围不同
范围不同,目前我国国家基本药物目录收录的药品有2070条。范围很广。
医保目录的范围与国家基本药物目录相互交叉。
扩展资料：
一、国家基本药物目录将新增165种药物品种。
1、新增品种数量：国家基本药物目录由520种增加至685种，其中西药共417种，中药268种。
2、药物品种结构优化：突出基本用药需求的同时注重儿童等特殊人群的用药。
3、规范药品剂型和规格：685种涉及剂型1110余个、规格1810余个。
4、中西药并重：新增药物品种增加了功能主治范围，中医临床覆盖更加全面。
二、国家基本药物目录新增对医保目录的影响
根据今年9月出台的《关于完善国家基本药物制度的意见》内容，医保部门按程序将符合条件的基本药物目录内的治疗性药品优先纳入医保目录范围或调整甲乙分类。
三、《国家基本药物目录》与《国家医保目录》现状
今年9月出台的《关于完善国家基本药物制度的意见》提出，医保部门按程序将符合条件的基本药物目录内的治疗性药品优先纳入医保目录范围或调整甲乙分类。
基本药物与医保药品既有共性，也存在差异。两者在安全有效、成本效益比方面无明显差别，基本药物在“防治必需、保障供应、优先使用”方面属性更强。
基本药物不仅兼顾临床必需，还考虑公共卫生必需，包括免疫规划疫苗、抗艾滋病和结核病等药品。
基本药物需采取多种方式保障有效供给，确保不断供，政府通过定点、储备等方式保障生产供应，通过财政专项经费或纳入医保基金予以高水平保障，提高患者对基本药物的可负担性。
同时，基本药物是临床首选、优先使用的一线药品，随着按病种付费、总额预付等医保支付方式改革不断深入，从保证供应、指导临床合理用药角度。
参考资料来源：国新网-关于完善国家基本药物制度的意见
参考资料来源：中国医疗网-医保目录查询
参考资料来源：百度百科-国家基本药物目录
