还有阿伊努族人是日本最初的居民，是赤道人种的一支。据日本史料记载。阿伊努人在公元五世纪时被称为“毛人”，因为他们的特征是皮肤比较黑，毛发浓密而长，有波纹，脸上和身上的汗毛都很多，身材不高，成年男子身高约1.6米。他们的面孔具有欧洲人的特征，语言与毗邻的各民族和国家的语言没有任何相似之处，男人留着红胡子。他们穿的衣服很象居住在极北地区的部族的服装，他们的传说故事和流传的众多叙事诗歌，与大洋州和澳大利亚各土著居民的民间（口头）创作有许多共同的地方。总之，这种混合文化令人不可思议，至今对这一现象也未作出解释。他们是怎样来到日本的，无人知晓。
有人认为，他们的祖先是新石器时期早期（约六、七千年以前）就从东南亚迁居到日本。某些学者认为，阿伊努族人是阿拉伯移民，他们在某个时期控制了远东广大地区后分布在本州诸岛。随着日本的一些部族逐渐向北方移民，他们的地盘日益缩小。从公元七世纪后半期起阿伊努人被称为“虾夷”，系夷狄之意，这是日本占统治地位的大和族的反动统治者对他们的鄙称。大约从公元十四世纪中叶起逐渐地改称为阿伊努人。“阿伊努”一词，在该族语言中是“人”的意思。从公元十六世纪起有一部分阿伊努族人迁移到库页岛一带。在十七至十八世纪，阿伊努族大部被消灭，今天仅剩下不足二万人，大部分移住在北海道中部和北部的日高、旭川、钏路等地，少数远移库页岛和千岛群岛一带，也有一部分散居在本州的一些地方。
阿伊努人原先主要靠渔猎为生。公元十八世纪末，德川幕府直接派官吏管理千岛，开辟了十几个渔场，同时实行同化政策，要求阿伊努人改变风俗习惯，剃去胡须、洁发、穿和服、按日本方式改名换姓。公元十九世纪以后，日本开始对北海道等各岛进行开发，普及大和民族的文明。这样一来，阿伊努人的传统生活方式进一步发生了变化，他们放弃了传统的捕渔和打猎，成了过定居生活的农民。
阿伊努人有自己的节日和祭祀活动，最有名的是“熊祭”，他们喜欢用凿子在剥了皮的圆木上雕刻动物，尤其是熊的形象，日本称之为“阿伊努雕”。阿伊努人具有丰富的文化遗产，善于刺绣，喜爱舞蹈。他们创作了不少诗歌，凭着记忆代代相传。有一部分从历史上流传下来的阿伊努族语的长篇叙事诗，内容丰富，朗诵一遍都需要很长的时间。
阿伊努人有自己的语言——阿伊努语，属抱合语。这是一种独立的语言，属于马来——利尼西亚（澳斯特罗尼西亚）语系。目前，世界上除阿伊努人以外，只有爱斯基摩人和美国印第安人使用这种语言。日本东北部的地名，许多来源于阿伊努语。如：“礼幌”，原意为“大的河谷”；“小樽”，原意为“砂川”；“名寄”，原意为“乌鸦出没的城市”等。阿伊努民族对日本列岛的开发，包括文化发展是有贡献的。
