一般纳税人应在“应交税费”科目下设置“应交增值税”“未交增值税”两个明细科目。在“应交增值税”明细账中，借方应设置“进项税额”“已交税金”“出口抵减内销应纳税额”“减免税款”“转出未交增值税”等专栏，贷方应设置“销项税额”“出口退税”“进项税额转出”“转出多交增值税”等专栏。“进项税额”专栏，记录企业购入货物或接受应税劳务和应税服务而支付的、准予从销项税额中抵扣的增值税额。企业购入货物或接受应税劳务和应税服务支付的进项税额，用蓝字登记。“已交税金”专栏，记录企业已缴纳的增值税额，企业已缴纳的增值税额用蓝字登记。“出口抵减内销应纳税额”专栏，记录企业按免抵退税规定计算的向境外单位提供适用增值税零税率应税服务的当期应免抵税额。“减免税款”专栏，用于记录该企业按规定抵减的增值税应纳税额，包括允许在增值税应纳税额中全额抵减的初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费。“转出未交增值税”专栏，记录企业月末转出应交未交的增值税。企业转出当月发生的应交未交的增值税额用蓝字登记。“销项税额”专栏，记录企业提供应税服务应收取的增值税额。企业提供应税服务应收取的销项税额，用蓝字登记;发生服务终止或按规定可以实行差额征税、按照税法规定允许扣减的增值税额应冲减销项税额，用红字或负数登记。“出口退税”专栏，记录企业向境外提供适用增值税零税率的应税服务，按规定计算的当期免抵退税额或按规定直接计算的应收出口退税额;出口业务办理退税后发生服务终止而补交已退的税款，用红字或负数登记。“进项税额转出”专栏，记录由于各类原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出的进项税额。“转出多交增值税”专栏，记录企业月末转出多交的增值税。企业转出当月发生的多交的增值税额用蓝字登记。“未交增值税”明细科目，核算一般纳税人月末转入的应交未交增值税额，转入多交的增值税也在本明细科目核算。“营改增”一般纳税人应当注意以下八种特殊情形的增值税会计处理：
一、不动产进项税抵扣的会计处理。增值税一般纳税人2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产、新建不动产以及改建、扩建、修缮、装饰不动产并增加不动产原值超过50%的不动产在建工程，其进项税额分2年从销项税额中抵扣：60%的部分于取得扣税凭证的当期从销项税额中抵扣;40%的部分为待抵扣进项税额，于取得扣税凭证的当月起第13个月从销项税额中抵扣。在上未抵扣完毕之前销售的，尚未抵扣完毕的待抵扣进项税额，允许于销售的当期从销项税额中抵扣。纳税人注销税务登记时，其尚未抵扣完毕的待抵扣进项税额于注销清算的当期从销项税额中抵扣。当期未抵扣进项税计入“应交税费-待抵扣进项税额”科目核算。
需要注意：对不同的不动产和不动产在建工程，纳税人应分别核算其待抵扣进项税额;纳税人购进的货物当期没有直接用于在建工程，之后又用于不动产在建工程，对购进时已全额抵扣进项税额的货物和服务，转用于不动产在建工程的，其已抵扣进项税额的40%部分，应于转用的当期从进项税额中转出，计入“待抵扣进项税额”，即借记“应交税费-待抵扣进项税额”，贷记“应交税费-应交增值税(进项税转出)”，并于转用的当月起第13个月从销项税额中抵扣;不动产在建工程分期抵扣仅限于直接用于不动产在建工程的“购进货物和设计服务、建设服务”，其中的购进货物，是指构成不动产实体的材料和设备，包括建筑装饰材料和给排水、采暖、卫生、通风、照明、通讯、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备及配套设施。购进的列举以外的其他货物以及“购进货物和设计服务、建设服务”外的其他服务，比如不动产在建工程直接发生的工程监理等服务，虽然应当予以资本化，但其负担的增值税可以一次性抵扣;融资租入房屋以及在施工现场修建的临时建筑物、构筑物虽然也构成不动产，但其进项税额允许一次性抵扣。
二、一般纳税人简易计税方法的会计处理。一般纳税人应当适用一般计税方法，即按照当期销项税额扣除当期进项税额的余额作为增值税应纳税额，余额为正数，意味着应当缴纳增值税;余额为负数作为留底，从以后应纳税额中抵减。但增值税有特别规定的，一般纳税人也可以选择简易计税办法计算缴纳增值税。提供适用简易计税方法应税服务的，会计处理为：借记“银行存款”等科目，贷记“主营业务收入”、“应交税费-未交增值税”科目。应当注意的是：简易计税方法下计算出的应纳税额，不得用一般计税方法下计算出的增值税留抵税额进行抵减，也就是说：当一般计税方法下计算出有本期留抵税额，则结转下期进行抵减，简易计税方法计算出的应纳税额应当按规定申报缴纳。
三、税控设备抵扣的会计处理。增值税纳税人初次购买增值税税控系统专用设备(包括分开票机)支付的费用，可凭购买增值税税控系统专用设备取得的增值税专用发票，在增值税应纳税额中全额抵减(抵减额为价税合计额)，不足抵减的可结转下期继续抵减;增值税纳税人缴纳的技术维护费，可凭技术维护服务单位开具的技术维护费发票，在增值税应纳税额中全额抵减，不足抵减的可结转下期继续抵减。增值税一般纳税人支付的购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费在增值税应纳税额中全额抵减的，其增值税专用发票不作为增值税抵扣凭证，其进项税额不得从销项税额中抵扣。增值税税控系统包括：增值税防伪税控系统、货物运输业增值税专用发票税控系统、机动车销售统一发票税控系统和公路、内河货物运输业发票税控系统。增值税防伪税控系统的专用设备包括金税卡、IC卡、读卡器或金税盘和报税盘;货物运输业增值税专用发票税控系统专用设备包括税控盘和报税盘;机动车销售统一发票税控系统和公路、内河货物运输业发票税控系统专用设备包括税控盘和传输盘。
增值税一般纳税人初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减的，应在“应交税费--应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于记录该企业按规定抵减的增值税应纳税额。企业购入增值税税控系统专用设备，按实际支付或应付的金额，借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费--应交增值税(减免税款)”科目，贷记“递延收益”科目。按期计提折旧，借记“管理费用”等科目，贷记“累计折旧”科目;同时，借记“递延收益”科目，贷记“管理费用”等科目。税控设备价值较低的，也可以直接计入“低值易耗品”或“管理费用”科目进行核算。企业发生技术维护费，按实际支付或应付的金额，借记“管理费用”等科目，贷记“银行存款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费--应交增值税(减免税款)”科目，贷记“管理费用”等科目。
四、纳税辅导期的会计处理。纳税人偷税、骗取出口退税、虚开增值税扣税凭证以及国家税务总局规定的其他情形，实行纳税辅导期管理。辅导期一般纳税人国内采购的货物或接受的应税劳务和应税服务，已经取得的增值税扣税凭证，按税法规定不符合抵扣条件，暂不予在本期申报抵扣的进项税额，借记“应交税费--待抵扣进项税额”科目，应计入采购成本的金额，借记“材料采购”、“商品采购”、“原材料”、“制造费用”、“管理费用”、“营业费用”、“固定资产”、“主营业务成本”、“其他业务成本”等科目，按照应付或实际支付的金额，贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等科目。收到税务机关告知的稽核比对结果通知书及其明细清单后，按稽核比对结果通知书及其明细清单注明的稽核相符、允许抵扣的进项税额，借记“应交税费--应交增值税(进项税额)”，贷记“应交税费--待抵扣进项税额”。
五、税务稽查的会计处理。增值税检查后的账务调整，应设立“应交税费--增值税检查调整”专门账户。凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税额转出的数额，借记有关科目，贷记本科目;凡检查后应调增账面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记本科目，贷记有关科目;全部调账事项入账后，应结出本账户的余额，并对该余额进行处理：1.若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按借方余额数，借记“应交税费--应交增值税(进项税额)”科目，贷记本科目。2.若余额在贷方，且“应交税金--应交增值税”账户无余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税费--未交增值税”科目。3.若本账户余额在贷方，“应交税费--应交增值税”账户有借方余额且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税费--应交增值税”科目。4.若本账户余额在贷方，“应交税费--应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额冲出，其差额贷记“应交税费--未交增值税”科目。上述账务调整应按纳税期逐期进行。
六、营改增前留抵的会计处理。根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定：“原增值税一般纳税人兼有销售服务、无形资产或者不动产的，截止到纳入营改增试点之日前的增值税期末留抵税额，不得从销售服务、无形资产或者不动产的销项税额中抵扣。”也就是说，原增值税一般纳税人在营改增试点之日前的增值税期末留抵税额只能在其以后销售货物实现的销项税额中进行抵扣。兼有应税服务的原增值税一般纳税人，截止到开始试点当月月初的增值税留抵税额按照营业税改征增值税有关规定不得从应税服务的销项税额中抵扣的，应在“应交税费”科目下增设“增值税留抵税额”明细科目。开始试点当月月初，企业应按不得从应税服务的销项税额中抵扣的增值税留抵税额，借记“应交税费--增值税留抵税额”科目，贷记“应交税费--应交增值税(进项税额转出)”科目。待以后期间允许抵扣时，按允许抵扣的金额，借记“应交税费--应交增值税(进项税额)”科目，贷记“应交税费--增值税留抵税额”科目。“应交税费--增值税留抵税额”科目期末余额应根据其流动性在资产负债表中的“其他流动资产”项目或“其他非流动资产”项目列示。
七、差额征税的会计处理。一般纳税人销售服务、无形资产、不动产，按照营业税改征增值税有关规定允许从销售额中扣除的，应在“应交税费--应交增值税”科目下增设“营改增抵减的销项税额”专栏，用于记录该企业因按规定扣减销售额而减少的销项税额;同时，“主营业务收入”、“主营业务成本”等相关科目应按经营业务的种类进行明细核算。企业接受应税服务、无形资产、不动产时，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额，借记“应交税费--应交增值税(营改增抵减的销项税额)”科目，按实际支付或应付的金额与上述增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目，按实际支付或应付的金额，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。
以土地出让金为例，根据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》(国家税务总局公告2016年第18号)第四条规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。当期允许扣除的土地价款=(当期销售房地产项目建筑面积/房地产项目可供销售建筑面积)*支付的土地价款。当期销售房地产项目建筑面积，是指当期进行纳税申报的增值税销售额对应的建筑面积。
举例：A房地产公司2016年6月购买一宗土地，支付土地出让金为1110万元，按规定允许扣减销售额而减少的销项税额1110/(1+11%)*11%=100万元，会计处理如下：
借：开发成本1010
应交税费--应交增值税(营改增抵减的销项税额)100
贷：银行存款1110
假设该项目2017年1月开始销售，当月实现销售收入2220万元，当月已销售面积占总可售面积比为10%，计算当期允许扣除的土地价款=1110*10%=111万元，相应当期应抵减的销项税额=111/(1+11%)*11%=10万元，会计处理如下：
借：银行存款2220
贷：主营业务收入2000
应交税费-应交增值税(销项税)210
应交税费-应交增值税(营改增抵减的销项税额)10
