百团大战主要是在敌后，国民党是在正面战场，双方之间很难形成配合。再加上八路军发动百团大战非常突然，日军和国民党都没有预料到，日本是没有想到八路军有那么强大的全面进攻能力，国民党也没有得到相关的情报。
在大战爆发前，八路军由于处在敌后，所以尽管八路军一直要求国民党中央提出扩军的要求，希望中央能提供更多的军事拔款，但是国民党认为八路军新四军扩军不可信，扩大的军队是不是有战斗力没有办法验证。不仅如此，国民党看到八路军在敌后不仅没有被消灭，反而日渐壮大，所以在1939年发动了第一次反共高潮，阎锡山的部队和日本人配合起来夹击共产党领导的山西新军，战斗持续到百团大战之时。
正因为如此，八路军发动百团大战以后，国民党没有给矛任何配合，而且还在百团大战后完全断绝了八路军的军费供应。当时在中条山的国民党三十八军，是当年杨虎城的部队，与共产党关系良好，所以私下派出部队向南同浦线出击进行破袭，引起蒋介石极大反感，所以蒋介石在八团大战结束后不久，就把三十八军调到洛阳，这也间接导致了1941年6月中条山的失陷。
