（一）院办公室
院办公室是全院院务工作的综合协调管理部门。其主要职责是：负责院长办公会的组织管理，承担院务会决议事项的督办及贯彻执行情况的检查，起草全院综合性文件、制定行政管理规章并组织实施；承担院目标管理日常工作和重大院务接待，筹办重大院务活动和组织安排院综合性会议；负责协调全院的行政后勤工作和院机关的行政管理及后勤保障工作；负责院对外宣传、网络信息、文书处理、印章管理和院文书档案管理工作；负责院机关财务管理；负责全院安全生产和治安保卫及社会治安综合治理的综合协调及管理工作。
（二）党群工作处（挂院党委办公室、院机关党委、院工会、院团委牌子）
党群工作处是全院党务群团工作的综合协调管理部门。其主要职责是：负责党的路线、方针、政策及有关法律、法规宣传工作；负责落实党的思想、组织建设任务；检查督促各基层党组织贯彻执行党的民主集中制、组织生活、民主生活等情况；负责承办全院党的组织、宣传、统战工作和院机关党委的日常工作；负责对共青团工作的组织管理；负责承办院党委日常事务和保密工作；负责组织管理院属蓉内各工会和妇女工作，指导蓉外所工会、妇女工作。
（三）人事劳动处
人事劳动处是全院干部人事、劳动工资、职称改革等工作的管理部门。其主要职责是：负责承办干部选拔任免、考核、教育及后备干部的培养工作，负责组织全院职工考核、流动调配、聘任管理；承办各类人才推荐，专家管理，组织实施职工继续教育及岗位培训，负责博士后工作站的日常管理工作；负责承办全院专业技术职务评聘的管理工作；负责院机构设置、人员编制、劳动工资计划管理和工人的技能培训；负责出国人员政审，承担在蓉职工及蓉外处以上干部人事档案管理。
（四）科技管理处（挂四川省农作物育种攻关办公室牌子）
科技管理处是全院科技业务工作的管理部门。其主要职责是：承担全省农作物育种攻关的管理工作；编制全院科研计划管理；负责组织争取农业、科技系统的科研和示范推广项目并进行管理；负责组织全院科技成果的鉴定、登记、申报；负责组织学术交流和院外学术性社团的联络工作。
（五）科技产业处（挂四川省农科院知识产权办公室牌子）
科技产业处是负责全院科技产业化的管理部门。其主要职责是：负责制订全院科技产业发展规划并实施对院控股企业的管理和对所控股企业的指导；负责组织全院经营性知识产权的鉴定、登记、申报、保护和开发；负责组织院开发基金项目的申报、评审和管理；负责全院国际经济合作项目的组织管理；负责全院国有经营性资产的管理；负责对院所科技开发重大经济合同及企业改制、组建方案的审查。
（六）科技合作处（挂四川省农业科学院外事办公室、四川省农业科学院农村发展研究中心牌子）
科技合作处是全院科技成果示范推广和国际科技合作的管理部门。其主要职责是：负责组织争取财政、发改委的科技示范推广项目并进行管理；负责组织争取国际合作研究项目并对其进行管理和负责对外交流工作；负责组织全院新品种、新技术和新产品的示范推广和宣传工作；负责组织全院专家为大面积生产服务，开展院、市（县）科技合作；负责组织科技扶贫工作的管理、协调和实施；负责组织农村经济发展研究工作。
（七）条件财务处
条件财务处是全院科研、生活条件和计划财务的管理部门。其主要职责是：负责制订全院条件财务管理制度，负责全院条件财务管理工作和会计业务指导；负责组织院、所年度预决算的编制和对各所的执行情况进行监督；负责院基本建设投资规划及基本建设管理，审定、督促、实施院建设项目和规划；负责全院非经营性国有资产管理；负责组织、争取基本建设专项经费；负责全院政府采购管理工作。
（八）离退休管理处
离退休管理处是全院离退休工作的管理部门。其主要职责是：指导院属各单位的离退休管理工作，督促检查离退休政策落实情况；
组织离退休人员开展活动并发挥他们的作用；承办院机关离休千部和退休院级干部的日常服务工作；加强对各单位离退休协会的指导。
（九）监察审计处
监察审计处同时是院纪律检查委员会的办事机构，是在院和上级主管部门双重领导下的党风、党纪、监督、检查和行政监察审计工作的管理部门，其主要职责是：负责党风党纪、反腐败斗争以及国家政策、法律，法规的宣传教育及贯彻落实；负责受理违反党的章程和其他党纪、国家政策法律、法规及党内外的控告和申诉的处理；负责财务项目和建设工程招投标的审计监督；按照干部管理权限，负责领导干部届中及离任经济效益和经济责任审计监督；负责对院所控股企业的资产负债、损益审计监督。
