廉署作为一个反贪调查机构，其自身的清廉除了依靠“以身作则”的个人自律外，必须有良好的内外监督制约机制加以保障，从这个意义上讲，廉署的独立性又只能是相对的。
法例赋予廉署广泛的调查权力，故需设有完备的监察与制衡机制，防止权力被滥用。此机制主要包括：
◆I.廉政专员的任命
这是行政长官对廉署的直接监督，并需定期向特区行政会议汇报廉署工作；
◆Ⅱ.四个谘询委员会的委任
四个委员会分别为“1.贪污问题咨询委员会、2.审查贪污举报咨询委员会、3.防止贪污咨询委员会、4.社区关系市民咨询委员会”但为避免廉署工作受政府掣肘，上述四会委员多由特首委任的社会贤达和专业人士组成，主席均由非政府官员担任（非官守的委员出任主席）；
－－◎贪污问题谘询委员会
性质：独立非官方组织，委员会负责监察廉政公署的整体工作方针及在政策上提供意见。
职权范围：就香港的贪污问题向廉政专员提供意见
1．监察廉政公署在执行职务、人手编制及行政事务上的政策。
2．就廉政专员根据《廉政公署条例》第8⑵条所考虑采取的行动提供意见。
3．听取廉政专员报告廉署对属员所采取的纪律处分。
4．审核廉政公署每年的开支预算。
5．在廉政公署年报呈交行政长官前予以审阅。
6．每年向行政长官提交委员会的工作报告。
7．有需要时，向行政长官反映委员会所关注有关廉署运作或所面对的任何问题。
－－◎审查贪污举报谘询委员会
性质：独立非官方组织，审议廉署每宗案件，少至100元，多至几亿的案件都要经过该会审议，非经该会同意廉署不得停止调查。可以随时向廉署作个别质询。委员会负责监察廉政公署的调查工作。
职权范围 ：委员会负责监察廉政公署的调查工作。
1．听取廉政专员报告廉署接获的所有贪污举报及廉署如何处理这些举报。
2．听取廉政专员报告所有历时超过一年或需要动用大量资源的调查个案之进展。
3．廉政专员须尽早向委员会报告由其授权进行搜查的次数及理由，并解释急需进行搜查的原因。
4．听取廉政专员报告疑犯获廉署保释超过六个月的所有个案。
5．听取廉政专员报告廉署已完成调查的个案；并就律政司决定不予检控或警戒的案件，建议应采取的行动。6.听取廉政专员报告在廉署管辖范围内所作检控的结果及其后的上诉结果。
7．就廉署管辖范围内进行调查所得到的资料，向廉政专员建议那些资料应送交有关部门、公共机构、其他机构或个别人士；或在特殊情况下，如有关资料于委员会开会前因有需要而经已递交，则委员会在其后会议中，须就该行动进行审议。
8．就廉政专员向委员会提出的其他事项，或主动就任何事项提供意见。
9．向行政长官反映任何值得关注的执行处运作或该委员会所面对的任何问题。
10．向行政长官提交年报，内容须向公众发表。
－－◎防止贪污谘询委员会
性质：独立非官方组织，主要监督防止贪污处
职权范围 ：委员会负责向廉政公署建议防贪研究的优先次序及审阅所有完成的防贪研究报告。
1．听取及要求廉政公署报告有关政府部门、公共机构及私营机构在工作常规及程序上可能助长贪污的地方，并向廉政专员建议应予以审查的项目及审查的先后次序。
2．研究根据审查结果而作出的各项建议，并就进一步行动向廉政专员提供意见。
3．监察根据该谘询委员会的意见而作出的建议如何实施。
－－◎社区关系市民谘询委员会
性质：独立非官方组织，主要监督社区关系处
职权范围 ：委员会负责向廉政公署建议推行倡廉教育及争取社会各界支持廉政工作的策略。
1．向廉政专员建议如何争取公众支持打击贪污及如何教育公众认识贪污的害处。
2．听取及要求廉政公署社区关系处报告为达致上述目标而进行的工作。
3．监察公众对廉署工作的反应以及对贪污所持的一般态度。
◆Ⅲ.行政长官/行政会议
廉政公署直接向行政长官负责。廉政专员亦定期向行政会议汇报。
◆Ⅵ.立法会监督
立法会有权赋予或撤销廉政公署的权力，并要求廉政专员出席立法会会议，也有权要求廉政专员就其政策及经费问题接受议员质询。
◆V.独立检控权
廉署有广泛的调查权但没有检控权，所调查案件是否提交法庭，须由对行政长官负责的律政司长决定。
调查后检控与否属于律政司司长的权力。调查和检控权分立，可以确保不会单以廉政公署的判断而作检控决定，防止滥权。
◆Ⅵ.司法监督
司法独立可确保廉政公署不会越轨。在司法监督下，廉政公署行使某些权力前，必须事先获得法庭的准许。同时，廉政公署会谨慎研究法官就调查工作所提出的意见或批评，并检讨执法程序，确保权力不被滥用。
◆Ⅶ.传媒-公众监督
透过传媒监察，不断加强廉政公署对公众的问责性。
◆Ⅷ.廉政公署事宜投诉委员会
廉政公署事宜投诉委员会独立运作，监察及覆检所有涉及廉署及廉署人员的非刑事投诉，以及监察针对廉署的职务投诉。委员会成员由行政长官委任，主席由行政会议成员出任，其他委员包括行政会议及立法会成员和社会贤达。
◆Ⅸ.内部监察
廉政公署要求职员恪守最高的诚信水平。廉署自成立以来已设有一个内部调查及监察单位，名为L组。专责调查监督廉署工作人员，以确保自身清廉高效。廉政公署人员如被指称涉及贪污或相关的刑事罪行，L组会进行调查。L组总部并不在廉署总部大楼，至于他们哪里，有些什么职员，就连在职的廉署人员都不知道。
