从同一排量的单双缸柴油机的结构上来看，单缸柴油机结构简单，其构成的零部件数量也较少，且不需进行左右气缸的平衡调整，故障点少；同时简单的结构又决定了单缸柴油机具有制造和装配工艺简单、技术难度小等特点，因而单缸柴油机的制造成本也较低，且使用维护简便，具有很好的经济性。而且单缸柴油机的宽度比双缸柴油机的要窄，便于实现整车造型的苗条化，并保证足够宽的搁脚位置，确保驾驶员的骑乘舒适；单缸柴油机还使得整车具有重量轻的特点，因而能确保装载单缸柴油机的车辆转向灵活，操纵稳定性好。
而双缸柴油机的结构相比之下就要复杂得多，由于气缸增加了一个，因此，相应的气缸、活塞、活塞环、连杆、活塞销等零件数量增加了一倍，此外象化油器、气缸盖、曲轴、排气系统等专用零件的结构也比单缸柴油机的更加复杂，这就使得双缸柴油机具有工艺难度大、技术含量高等特点，也决定了双缸柴油机的制造成本会远远高于单缸柴油机，且由于零件数量的增加会导致柴油机的故障点的增多，加上还需要调整左右缸的平衡，因此其使用和维护也更加复杂。当然上述的种种缺点并不是说双缸柴油机一无是处，事实上双缸柴油机也有单缸柴油机无可比拟的优势之处：与单缸柴油机相比，双缸柴油机每一气缸的排气量只有前者的二分之一，活塞和气缸的直径比单缸柴油机的要小，曲轴、飞轮的质量也相应要轻，活塞的行程短，因此即便是在活塞保持相同的线速度的情况下，双缸柴油机可以通过提高柴油机的转速从而将增大柴油机的最大功率。
