日本历史上共经历了镰仓幕府、室町幕府、明智幕府、德川幕府四个幕府历史时期。 始于1185年终于1867年共682年，幕府本指将领的军帐，但在日本的特殊状况下，演变成一种特有国情的政治体制。
日本古代有着长期军人干政的历史，军事强人以成为征夷大将军为志向，开设幕府，为军人的最高指挥机构，并且掌握政权。形式上取得天皇授权，实为以军事统治进行封建采邑，凌驾正规的文人中央集权政府机构。也可以说是用“挟天子以令诸侯”的方式统治国家。
幕府政治(ばくふ)（Bakufu Politics，or shogunatepolitics）日本封建武士通过幕府实行的政治统治。又名武家政治。幕府一词始自古代汉语，指出征时将军的府署。在日本，最初指近卫大将住所，转指武士首脑征夷大将军（简称将军）府邸，以后又称将军为首的中央政权为幕府。始于1192年镰仓幕府建立，中经室町幕府，至1867年江户幕府的德川庆喜还政于天皇，幕府政治结束。
“幕”意指军队的帐幕， 帐篷;“府”指王室等收放财宝和文件的地方，江户时代中期以后意味变成了政府机构。有人认为“镰仓幕府”和“室町幕府”事实上是当代用词； 当时人们并未称呼过镰仓和室町政府机构为“幕府”。
第一，天皇与将军之间的争斗，一直没有停息过，一直到江户幕府建立后，天皇才被彻底架空
在此之前，日本天皇虽然属于空架子，但并非没有权威，而各地大名时常需要借助天皇名义来使自己的行动合法化。
在源平争霸时期，当时的天皇和上皇倾向于支持平氏，随着源氏初战失利，源赖朝被迫流亡，当时的平家不但代表了武士集团，也代表了朝臣，但随后的争霸中，平清盛病逝，局面急转直下，最终源赖朝夺取政权。皇室与武家第一次冲突以皇室支持的平家失利告终。
公元1199年，源赖朝坠马而死，时任天皇与三位上皇趁源赖朝死，新任将军年幼之际，开始大肆联络各地不服源氏幕府的朝臣，大名和武士，并集结于京都，对源氏幕府构成巨大威胁。但幕府在北条义时的协助下，集结十九万大军攻入京都，皇室军队不敌败走，三位上皇被流放，大批朝臣被杀，原属于皇室的大片领地被剥夺。皇室第一次与幕府正面冲突以皇室失利而告终。
公元1333年，出身源氏的足利尊氏在后醍醐天皇的授意下，率军攻入镰仓，击破幕府执权北条氏，镰仓幕府灭亡。之后，尊氏希望继承征夷大将军之职，但后醍醐意图恢复皇室权力，拒绝这一要求，反而开始限制足利尊氏的权力，这使得双方裂痕加深。1335年，随着北条氏在镰仓爆发动乱，尊氏趁机领兵攻入并占据武家根据地镰仓，拒绝回归京都。并于次年率军攻入京都，拥立光明天皇，并获封征夷大将军，建立幕府，而后醍醐则逃亡吉野山，建立南朝。这是皇室第二次对武家动手，结果是导致日本分裂，形成短暂的南北朝。
随着足利义满继位后，对南朝的军事政治压力越来越大，最终，南朝交出政权，幕府完成统一。自此，皇室第二次对幕府的行动也以失败而告终。
在院政之争（菅原道真时期）之前天皇的权力就相当于中国皇帝的权力，因为他们行唐制。但在那之后，日本相继经历了平家摄政，室町幕府，镰仓幕府，应仁之乱后的足利幕府和丰臣摄政，最终是德川幕府。从那时到明治维新，一共一千多年，天皇都处于虚位。举个例子，在安土桃山时代初，天皇只有五千石的领地，尽管后来丰臣家给他加到了一万，但丰臣家却领有一百三十万石。到后来德川家又加到五万，可幕府竟领有四百万石！江户时代，二十多代将军，除了家康公等几人外，从未给天皇加领。天皇平日只有五十个仆人，吃米饭还要加二成糠。但是，无论关白还是将军，都拥有上千万两黄金。如丰臣家有一万个秤砣金，一个三千两。可鉴而知。
幕府将军除了拥有兵权还有分配各诸侯领地，收取各地的金米的权利，天皇和天皇身边的大臣们有的只是身份，幕府将军觐见天皇很多时候也只是走个形式，国家权力可是说是完全在幕府将军手里的。在江户时代有天皇，当时幕府就一个江户幕府，日本人多称其为德川幕府（因德川家康所创）。日本历史上有三个幕府，镰仓幕府、室町幕府、江户幕府。天皇本来一直居住在京都，后来在明治维新推翻了江户幕府后搬到了江户也就是现在的东京一直到现在。
大体上说，日本古代天皇的权力，大致是到平安王朝末期丧失的，当时的武家实力派领袖源赖朝，打败了另外一个武家实力派平清盛，受封征夷大将军，建立了镰仓幕府，从此，日本政治进入幕府时期，以天皇为首的公家朝廷被架空，全国的政治、经济、军事大权落入幕府大将军手中长达将近700年。
镰仓幕府之后是室町幕府，室町幕府之后是日本的战国时期，战国结束后德川家康的江户幕府统一日本，一直到近代，日本和中国一样，被西方的列强用军舰和大炮打开了国门，日本开始了维新变法，天皇成为维新志士的首领，经过倒幕运动，第15代将军德川庆喜被迫大政奉还，将历代幕府将军掌握了将近700年的日本大权重新还给了天皇。
当时的武士阶级也都不看好天皇。这要从承久之乱说起，承久之乱可以说是一个大时代的转变.日本皇室经此变乱,尊严丧尽,三位上皇都充了军,天皇被废,虽然都保存了性命,但是威信,权势,无一幸存，不仅偶像幻灭,政治的重心,最重要的实质,也被幕府取而代之,成为日本的主宰.从此皇室在政坛上隐退,成为不被理睬的家族,幕府才是真正的主角,皇室的大军像落花流水一样被击破之后,威信权势转到了幕府,其实在当时的武士群的心目中,皇室早就失去了信仰,特别是在承久之乱约两百年前的"前九年之战"与"后三年之役"中,皇室赏罚不明,尤其刻薄寡恩,有功不酬,大失人心,徒然让武家抢了镜头,这场战乱算是算了总账,从此幕府是武人拥护的中心,是正统.积久之后,更牢不可破,谁要反对幕府,便是叛逆,纵然是皇室想倒幕,也不例外.所以天皇想要复辟,在人民的心目中,却认为是叛逆,称之为"天皇御谋叛",这种观念一直维持了几个世纪,到了明治维新,才有了转变。
所以说：首先，皇室并不会甘心属于自己的权力被幕府夺走，因此才多次趁幕府动乱时动手。
其次，日本的政治制度类似于欧洲庄园制，各地大名主都拥有自己的军队和势力，无论是天皇还是幕府将军，不过是大名们名义上的共主而非绝对的统治者，与天朝普天之下莫非王土完全不同。因此，大名的支持对于双方都非常重要。
再次，就是大名们的出身几乎都是武士，即便出现过一些公卿大名，但在不断地土地兼并中，土著武士击败了公卿，因此，土地大部分掌握在武士手里。当时的日本，将军代表武士集团，皇室则代表公卿集团，两个不同的利益团体，注定了大名会支持将军。而将军拥有更多的土地经济和军队，自然压倒了皇室。
最后，就是皇室的几次动作，皆以皇室失败而告终。伴随着失败，幕府自然要防备皇室再起。
源氏幕府建立后，皇室权力大幅收到限制，同时部分土地被分给支持幕府的武士
北条义时攻入京都后，流放三位上皇，架空天皇，杀掉大批反对幕府的公卿，同时没收了原属于皇室和公卿的大片领地，由于战败，皇室敢怒而不敢言，自此，皇室用于对抗幕府的领地已经荡然无存
足利尊氏攻入京都后，驱逐后醍醐天皇，而新上任的光明天皇实际上就是幕府傀儡，而随和足利义满统一南北朝后，南朝天皇失去权威。到室町幕府末期（足利义辉时），皇室有多少领地？月长石看过一些资料，当时的整个皇室年供是十四万到十五万石左右，而且由于连年战乱，这些收入还不能按时上缴。而整个朝廷收入大概是五十万石左右。
而当时，仅仅是东海岛三国之主的今川义元，拥有多少领地？答案：六十五万石。
一个大名拥有的财力，远远超过整个朝廷，这样的朝廷，已经完全不具备与幕府对抗的可能。
直到德川幕府建立后，开始对天皇那些虚权动手，连“卖官”的权力也给剥夺了，天皇唯一的权力就是制定年号，彻底成为了全国的最高神官......
第二：将军和天皇为何能千年共存？
首先，要看天皇的身份：天皇不仅仅是全日本的最高领袖，而且其身份不得了--太阳神之子！这意味着，天皇是神之子，是受命于天的。对天皇动手，不但是挑战政权，还是挑战神权。扳倒天皇和架空天皇，看似差不多，但其中的阻力却天差地别：架空天皇，其实不难，只要掌握了土地和军队，天皇就翻不起风浪；但扳倒天皇，不仅仅是在政权上，还必须在思想上彻底颠覆传统。
因此，得到差不多的结果，但阻力却天差地别，这种情况下，幕府自然是要考虑成本。
其次，天皇在位，那么天下的眼光依然会盯着最高权力，而幕府虽然是实权机构，但不是天下之主，一个实权机构，一个虚权高位，类似于中国汉初时代虚君实相（当然差距大了些），保留天皇虚位，对于将军来说，好处是有的：无论发生什么，幕府可以以天皇名义下令，这样，幕府的行动，不但得到政权授意，还能得到神权的许可，集神权与君权于一体，办事更方便。
而对于将军的好处，皇室同样也获益：由于没有实权，皇室不会成为大名的目标。而且皇室既然被神话，索性就处于一个超然的地位，当自己是“神”，“神”是不干涉人间事物的，而幕府虽然架空天皇，但还得供养皇室，天皇这张牌，需要用，但也需要养。
