世界针联成立前后，一直得到世界卫生组织的热情支持和密切关注。世界卫生组织西太区办事处，为世界针联的组建进行了大量的通讯联络工作，为世界针联章程及医德宣言的制定提供了技术指导，还在由世界卫生组织召开的会议中为世界针联的筹备工作提供帮助。世界卫生组织的官员曾多次参加世界针联的会议，并提出过许多指导性建议。
1988年3月世界卫生组织西太区办事处对外关系官员首先提出与世界针联建立工作关系的可能性。从此，世界针联与世界卫生组织的关系更加密切，表现在官员之间频繁的通讯联系、出版物的交换和相互参加对方的会议。
1990年2月世界卫生组织传统医学项目官员代表世界卫生组织总干事，同意了世界针联主席提出的世界针联与世界卫生组织共同发起第二届世界针灸学术大会的建议。
1990年3月世界卫生组织西太区办事处向日内瓦总部报告，请求世界卫生组织考虑与世界针联建立全球级的正式关系。1993年11月世界卫生组织同世界针联共同发起了第三届世界针灸学术大会。
1996年3月，在世界卫生组织的指导下，世界针联正式向世界卫生组织递交了与其建立正式关系的申请。
1996年9月和1997年11月，世界卫生组织与世界针联共同发起了世界针联第四届世界针灸学术大会和世界针联成立十周年学术大会。
1998年1月27日，世界卫生组织第101次执行委员会会议作出了EB101.R21号决议，审议通过世界卫生组织与世界针灸学会联合会建立非政府性正式关系。世界针联是与世界卫生组织建立了正式关系的191个非政府性民间组织中的唯一的针灸学术组织，根据《世界卫生组织与非政府组织关系准则》的规定，世界针联的代表有权参加世界卫生组织召开的世界卫生大会及执行委员会会议，并在会议上就双方关心的项目发表讲话；有权获得世界卫生组织的非机密性文件；有权向世界卫生组织提出技术方面的咨询和建议；有义务就两组织的合作内容提出三年规划。
1998年5月世界针联官员应世界卫生组织的邀请赴日内瓦参加第51届世界卫生大会，并确定了两组织在推动针灸学术发展方面的合作计划。
2000年11月世界卫生组织又同世界针联共同发起了第五届世界针灸学术大会。至今，世界针联与世界卫生组织在为人类健康服务的共同利益的基础上，相互之间的关系在深入健康地发展。这种关系表明，推进世界针灸医学事业的发展，已经成为世界卫生工作中的一个组成部分。
世界针联与政府部门的关系
世界针联成立前后得到了许多国家政府部门的大力支持。中华人民共和国国务院及卫生部、国家科委、外交部、中国科协、财政部、国家中医药管理局等部门，对世界针联的筹备与发展阶段给予了热情的支持，并提供了上百万元人民币的无偿援助，并为世界针联总部提供了良好的办公场所和办公条件。世界针联在中国召开学术大会时，中国主管卫生工作的国务委员、副委员长、卫生部长等多次参加大会。一些国家的政府部门及高级官员和卫生官员都曾为世界针联的学术活动给予积极支持和密切关注。
主要表现为：
积极支持在其国家召开世界针联针灸学术大会和专题学术研讨会。1990年在巴黎召开世界针联第二届世界针灸学术大会时，巴黎市市长密特朗先生出席开幕式并致词；1993年在京都召开第三届世界针灸学术大会时，日本三笠宫宽仁亲王、文部大臣赤松良子及京都市市长田边朋之出席大会并讲话；1996年在纽约召开第四届世界针灸学术大会时，克林顿总统和夫人致贺信，联合国总部副秘书长金永健、美国联邦卫生部官员、纽约州州长、市长代表及州教育局官员出席大会；2000年在汉城召开第五届世界针灸学术大会时，韩国卫生工作国务委员、韩国保社部部长代表出席大会并讲话等等。由于大会东道国高级官员参加大会表态支持，对世界针联学术大会的成功召开，扩大针灸学术的国际影响起到了良好的促进作用。
一些世界针联学术会议东道主国家的政府卫生部门积极参与世界针联学术大会和专题研讨会的组织举办工作。近几年来，一些国家的卫生部门从派高级官员参加世界针联的学术活动，发展到了亲自参与和组织推动的阶段。1997年中国卫生部部长张文康亲自担任世界针联成立十周年学术大会的组织委员会主席；1999年越南卫生部部长、副部长担任了世界针联1999年河内国际针灸专题研讨会的组织委员会官员；2000年韩国保社部作为世界针联第五届世界针灸学术大会的协办单位，保社部官员担任了大会组织委员会的官员。
一些国家的卫生部门十分关注世界针联的活动，派出代表参加世界针联的学术会议或与世界针联总部进行接触，以加深对世界针联的了解，他们还试图同世界针联在针灸方面展开合作进行商谈。比如菲律宾、泰国、越南、印尼、缅甸、意大利等国卫生部门曾派出代表参加世界针联学术会议或与世界针联总部官员进行接触，探讨咨询针灸在其国家进一步应用与发展的问题。
世界针联的会员和其所在国政府卫生部门和卫生机构的关系日益密切。有的组织作为政府卫生部门的针灸问题的咨询机构，有的组织受政府的委托，进行本国针灸状况的调查研究，为针灸立法提供依据；还有的组织被授权代表政府参与针灸合作项目的对外谈判，等等。以上说明，世界针联已与许多国家的政府部门在针灸的合作方面建立起良好的关系。
