世基联在1948年成立时，中国基督教的中华基督教会、中华圣公会、浙沪浸礼会和华北公理会四个教派组织加入了该会。中国基督教人士赵紫宸、吴贻芳参加了该会的成立大会，赵紫宸当选为中央委员会六名主席之一。1951年因该会做出了支持美国发动朝鲜战争的决议，赵紫宸辞去主席职务，后与该会中断往来。近十几年来，世基联对中国态度日趋友好，努力改善同中国基督教会的关系，对中国抗美援朝时期该会所做的不友好决议曾多次表示歉意。1987年世基联在美国亚特兰大举行的执行委员会会议上，通过了与中国关系的决议，表示只承认中国基督教协会为中国基督教的代表。1990年，世基联总干事再度访华，希望中国基协成为该会正式会员。1991年2月，该会总干事以书面方式再度保证该会只承认一个中国，即中华人民共和国。丁光训主教和韩文藻、沈以藩先生三人代表团应世基联之邀，于1991年2月参加了世基联第七届会员大会。大会一致通过接纳中国基督教协会为世基联正式会员。1993年，世基联前总干事波特博士、副总干事卫斯理·阿里拉加牧师、国际部主任爱普斯牧师以及普世神学教育委员会执行干事尤多·泡维达克多博士先后访问了中国。1994年5月，世基联总干事康拉德·雷泽尔一行四人来华访问了北京、上海、南京等地的教会，拜会了中国基督教教会领导人。 1996年5月，世基联国际部主任达威·爱普斯一行14人来华，先后访问了上海、南京、北京、沈阳以及河南省、浙江省等地的基层教会和宗教工作部门，拜会了中国基督教教会领导人及国务院宗教事务局的负责人。
