二者除了相同的名称和地域上存在的交叉外，没有什么过多的联系，不论是文化还是人口方面。此外，注意区分马其顿共和国和马其顿地区，现在所说的“马其顿”一般指的是前者。
马其顿帝国
马其顿帝国指的是古马其顿王国在亚历山大三世统治下的辉煌时期。马其顿地处古希腊边陲地区，地处希腊中北部，西接艾普鲁斯，东邻色雷斯。其民族渊源尚无定论，可能是伊利里亚人、色雷斯人和希腊的多利安人的混血后裔，主要信奉古希腊多神教。约在前6世纪下半叶，马其顿完成了统一，实行君主制。
公元前4世纪，摄政王腓力自立为王（即腓力二世），推行了一系列改革，借鉴希腊的先进经验，并采取了马其顿特色的举措，强化王权、削弱贵族会议和公民大会的权力，推行币制改革，采用金银复本位制。最重要的是他的军事改革，建立了一支忠于国王的常备军，创建了强有力的马其顿方阵。后来他又侵占了色雷斯的金矿，每年又有一稳定的收入以扩充军事。马其顿军队的战斗力超过了希腊其他城邦的军队。腓力为了准备进军东方各国，还建立了一支强大的舰队。
腓力二世在军力强大后，趁着希腊处于城邦战争之际南下侵略希腊。公元前337年，斯巴达外的全希腊都被迫承认了马其顿的霸权。前336年，腓力遇刺身亡。王位由其子亚历山大（即亚历山大大帝）继承。亚历山大即位后镇压了希腊的叛乱，并继续开疆扩土，陆续征服叙利亚、腓尼基、埃及等地，并最终灭亡了阿契美尼德帝国。随后进兵印度，但由于水土不服、兵士思乡心切等原因被迫退兵。
前324年初，亚历山大将巴比伦作为新都，建立了一个庞大的帝国－马其顿帝国，也称之为亚历山大帝国。此时马其顿帝国疆域达到顶峰，包含今天的希腊、马其顿、阿尔巴尼亚、保加利亚、罗马尼亚、土耳其、叙利亚、黎巴嫩、以色列、埃及、伊拉克、科威特、伊朗、阿富汗、巴基斯坦、土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦的全部或部分领土，地跨亚欧非三大洲。
前323年6月，亚历山大因疟疾逝世。在他死后，他的部将瓜分了帝国。
马其顿共和国
公元5世纪起斯拉夫人开始进入马其顿地区，并且在该地定居，因而奠定了现代马其顿地区南北之分（南为希腊人，北为斯拉夫人）的基础。
837年时保加利亚征服了马其顿，并于10世纪末在该地的奥赫里德定都。1018年拜占庭帝国又征服了马其顿，在接下来的几个世纪里马其顿多次在拜占庭帝国、保加利亚帝国和塞尔维亚帝国之间转手。受拜占庭文化圈影响，主要宗教为东正教，以西里尔字母为书写文字。15世纪初奥斯曼帝国征服了马其顿，并开始了长达500年的统治。
19世纪时巴尔干复国运动相继展开，民族主义高涨，马其顿也成为希腊、保加利亚和塞尔维亚三国的必争之地。1913年三国在共同针对奥斯曼帝国的第一次巴尔干战争中获胜，奥斯曼将马其顿割予三国，但三国之间又因马其顿具体分割方案爆发第二次巴尔干战争，最终希腊、塞尔维亚击败保加利亚，三国将马其顿瓜分。塞尔维亚所得到的部分就是现代马其顿共和国的领土。第一次世界大战之后，塞属马其顿连同塞尔维亚成为南斯拉夫的一部分。
第二次世界大战时，希腊、南斯拉夫为同盟国，保加利亚参加了由德国主导的轴心国阵营，希腊、南斯拉夫被德国占领之后，保加利亚分得了马其顿的大部分地区，但战争结束后各国之间的边界又还原到战前的形势。
二战之后，南斯拉夫成为由铁托所领导的社会主义国家。1946年时铁托将马其顿地区从塞尔维亚分开，成为南斯拉夫的直辖共和国。1991年9月17日马其顿从南联邦和平分离，但随即和希腊爆发国名争端，最后马其顿共和国于1993年以“前南斯拉夫马其顿共和国”的名义加入联合国。
