利用高产不抗病小麦和低产抗病小麦，经过杂交，多次自交，选择培育出高产抗病小麦新品种，这种育种方法的

A、基因工程技术是将外源抗旱基因导入高产品种细胞内，经组织培养可获得高产、抗旱品种，A错误；
B、利用辐射、激光、化学药剂等进行诱导基因突变是诱变育种的原理，B错误；
C、染色体变异包括染色体结构变异与数目变异，其中染色体数目变异是单位体育种和多倍体育种的原理，C错误；
D、利用高产不抗病小麦和低产抗病小麦，经过杂交，多次自交，选择培育出高产抗病小麦新品种，这种育种方法的原理是在形成配子时等位基因彼此分离，而位于非同源染色体上的非等位基因进行自由的组合，D正确．
故选：D．