1、法律依据不同：
国有企业遵循《全民所有制企业法》；国有独资公司遵循《公司法》。
2、管理体系不同：
国有企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长负责制，注重隶属关系；国有独资公司是以“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
3、治理结构不同：
国有企业监事会由国务院派出，对国务院负责，代表国家对国有重点大型企业的国有资产保值增值状况实施监督，一般的国有企业董事会则由同级政府派出；国有独资公司监事会由国有资产监督管理机构委派。
4、管理者角色不同：
国有企业的厂长是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位；国有独资公司总经理是由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策，对企业的日常经营管理工作负全面的责任，董事会与总经理之间是一种聘用关系。
5、目标不同：
国有企业以社会公共目标为主，经济目标居次。这类企业主要是典型的自然垄断企业和资源类企业，如铁路、自来水、天然气、电力、机场等；国有独资公司兼具社会公共目标和经济目标，以经济目标支撑社会公共目标；
这类企业主要是准自然垄断企业和国民经济发 展的支柱产业，如电子、汽车、医药、机场等。需要注意的是，这类企业不直接提供公共服务，而是通过向国家财政上交股息和红利，间接提供公共服务。
参考资料来源：百度百科-国有企业
参考资料来源：百度百科-国有独资公司
