1、含义上的区别
小农经济以家庭为单位、生产资料个体所有制为基础，完全或主要依靠自己劳动，满足自身消费为主的小规模农业经济。其中，有的以自有土地经营，有的以租入土地经营，亦有两者兼之。
商品经济 ，是自然经济的对立物，是商品的生产、交换、出售的总和。商品经济是指直接以交换为目的经济形式，包括商品生产和商品交换。
自然经济是传统社会封建经济形态下主要的经济形式，它与商品经济既相互结合又相互排斥，不能说自然经济就是没有商品交换的。它指生产是为了直接满足生产者个人或经济单位的需要，而不是为了交换的经济形式。 自然经济，商品经济的对立面，私有制经济的一种表现。
2、特性上的区别
小农经济的特性是以家庭为生产、生活的基本单位，精耕细作；农业和家庭手工业相结合；生产出来的产品用来自己消费或缴纳赋税，是一种自给自足的自然经济。
商品经济的特性是在商品经济条件下，生产要素和消费资料的全部或大部分都要通过市场交换来获得，并通过市场交换来实现；商品经济是开放型经济。商品经济以社会分工为基础，强调生产过程中的分工与协作；商品经济是开拓进取型经济；商品经济以扩大再生产为特征。
自然经济特性是以家庭（其他时期也包括氏族公社、封建庄园等）为主要基本生产单位，生产规模相当小；大多数情况下产品的原料采集、生产乃至消费都是为了满足劳动者自身需要；自然经济中农业生产同家庭手工业制造相结合，即农产品以及一部分手工业品都是自主生产并使用的。
3、产生条件上的区别
小农经济是在铁制农具、牛耕技术的出现和土地私有制的确立之后的产物，是以家庭为基本单位，农业和手工业相结合，生产目的主要是满足自家基本生活的需要和交纳赋税。
商品经济的产生条件是社会分工。社会分工是商品经济存在的前提，是一切商品生产的一般基础；是生产资料和产品属于不同的物质利益主体所有。商品经济产生和发展的两个基本条件是同社会生产力相联系而产生和发展的，最终也将会随着生产力的高度发展而归于自行消亡。
自然经济是相对于商品经济而言的，就是自给自足的经济，即为满足生存而生产，不是为市场的需要而生产。
参考资料来源：百度百科-小农经济
参考资料来源：百度百科-商品经济
参考资料来源：百度百科-自然经济
