1、生物菌肥适宜在15-35℃的气温中快速繁殖，特别是在干湿交替灌溉条件下，能很好地发挥生物菌的活性。
2、生物菌肥在旱地施用的含水量应在30%-60%之间，有益菌繁殖迅速。湿度低于30%施用时，必须进行浇水，只有保证生物菌肥有效活性，才能帮助农作物吸收土壤中的养分。同时，生物菌肥有一定的抗旱作用。
3、可在作物播种前期做基肥使用。生物菌肥中的有益菌能拮抗土壤中的病虫害，促进作物根系生长，增强作物免疫力，提高作物的抗病、抗逆能力，对作物苗期生长效果很好。
4、生物菌肥最好在阴凉适宜的天气情况下施用。如清晨9点以前或下午4点以后，或者阴天，因为强烈的阳光紫外线会影响菌肥的效果。
5、生物菌肥不能与杀菌剂直接混用。喷施杀菌剂要间隔5-7天再施用生物菌肥，以免杀菌剂营养生物菌肥的活性。
6、生物菌肥配合发酵好的农家肥和复合肥效果更好。生物菌肥施用后可减少复合肥施用量，但生物菌肥不能取代复合肥，还需适量补充复合肥。(当然这个是视情况而定的，如果菌肥里面含有适宜的氮磷钾成分是可以完全替代复合肥的)农家肥有机质丰富，腐熟好与菌肥一起施用，可促进有机质分解，促进作物更好的吸收全面的养分
生物菌肥施入土壤中，有一个适应过程才能繁殖、生长活动，其显效期为7-10天后，就能逐渐均衡地给植物供养，发挥作用，功效期可长达6-8个月。
