分公司的流转税，必须在当地的税务机关核算缴纳，这个是流转税的基本原则。也就是到地税申报缴纳。现在基本上所有的城市国税地税申报都是网上申报，未开通网上申报的公司，可以凭借税务登记证（正本副本）营业执照，基本行开户许可证，基本行开户行信息等证件，到当地税务机关申请网上申报纳税。
如果分公司跟总公司之间是非独立核算，那么，分公司的所有税种的申报，都必须由总公司汇总，由总公司申报。非独立核算的分公司仅仅只是总公司的一个分支机构，相当于一个部门。一般情况下，如果分公司是个独立核算的群体，既有营业收入，又有支出，分公司虽小，但是五脏俱全，这种情况下的分公司，从财政考核上考虑，相信很多企业领导人都会做出一个决定，总分公司财政独立，个子独立核算。独立核算下的分公司，需要向当地税务机关申报纳税。
在分公司成立之初，就可以凭借当即工商部门审批下来的分公司营业执照，总公司的营业执照等相关证件，到当地银行办理分公司基本行开户。
如果总分公司不在一个地级市，这时候的企业所得税的申报，则需根据跨区经营所得税申报原则进行申报，按照总公司所在地国税部门核准的分配比例，总公司分公司分别各自向当地所得税申报主管部门申报缴纳。
关于企业所得税的申报问题，如果总分公司在同一个地级市以内，那么无论总分公司是否独立核算，均由总公司汇总申报即可。
