经过多年的发展，我国基础研究不断发展，形成了门类齐全的学科体系，特别是党的十八大以来基础研究的发展进入了快车道。“总体上，我国的基础研究已处于从量的积累走向质的飞跃，从点的突破走向系统能力提升的重要时期。但同建设世界科技强国的目标相比，从整个科技创新的链条来讲，基础研究依然是短板。”科技部基础研究司司长叶玉江说，我国基础科研主要存在如下几方面问题：一是重大原创性成果缺乏。二是顶尖基础研究人才和团队比较匮乏。三是投入总体不足，而且投入结构非常不合理。四是全社会支持基础研究的环境还需要进一步优化，评价、开放共享、人才流动、稳定、激励等机制存在问题。
《意见》针对这些问题作出了安排，明确了下一步采取措施的方向，提出了全面加强基础科学研究遵循的原则：一是遵循科学规律，坚持分类指导；二是突出原始创新，促进融通发展；三是创新体制机制，增强创新活力；四是加强协同创新，扩大开放合作；五是强化稳定支持，优化投入结构。叶玉江强调，为科学家营造潜心研究的环境是世界性的问题，做基础研究的科学家就必须心无旁骛，做长期稳定的研究，这是由基础研究的特点和规律决定的。“要建立鼓励创新、宽容失败的容错机制，鼓励科研人员大胆探索，挑战未知。”
对营造宽松的环境，《意见》从三个方面进行了规划设计：一是加强中央财政对基础研究的支持力度，特别是要完善对高校、科研机构、科学家的长期稳定支持机制。二是进一步深化科研项目和经费管理改革，要完善符合基础研究规律的项目组织申报、评审与决策机制，让经费为人的创造性活动服务。三是建立完善符合基础研究特点和规律的评价机制，要开展基础研究差异化评价试点，完善以创新质量和学术贡献为核心的评价机制，支持高校和科研院所自主布局基础研究。
