员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%。
扩展资料
1、差旅费必须在各部门预算总额内控制开支， 超预算不得开支。
2、员工出差必须事前提出书面申请，填制出差申请单，经其直属上级批准。凡未得事先批准的，一律不予报销。
3、员工出差途中，因工作需要临时增加出差行程到新的出差地点，经出差签批人书面/邮件确认后，其增加的行程作为另一次出差时间。
4、出差标准：员工出差乘坐交通工具、住宿、补助基本标准见集团差旅费报销管理制度。
参考资料来源：百度百科-差旅费
