其实国有企业和事业编制单位的待遇区别，体现在国企员工编制是劳动者和国有企业之间的劳动聘用关系，而事业编制则是劳动者和事业单位之间的聘用关系（聘用制）。
国有企业和事业单位的财政性质是不一样的，国有企业属于盈利性单位，在财政上盈亏自负，事业单位由国家财政拨款，一般有绩效工资。
且待遇相差要看两者不同的公司不同的岗位去判断，譬如很普通的职员，事业单位收入不一定比国企高，反之亦然，因为两者的单位性质不一，每个单位都有每个单位的不同薪金制度和福利制度，只可以做特定的一对一的对比。
各单位的性质影响收入：
1）国企员工的收入从根本上说是企业利润的一部分，也就是说国企的收入由本身国企的自身实力有关；比如中石油，中石化之类的企业待遇应该比其他类型的事业单位要强很多，因为本身的盈利能力是有目共睹；而比如以前的旧型国企盈利能力不足的，员工待下岗的，那这种国企很多时候要面临政府补助的风险，这样的国企待遇就只能是最低的比普通事业单位要差。好的国企有：中石油，中石化，电信，移动等世界500强公司。
2）事业单位则比较复杂。事业单位可以细分为全额财政拨款、差额财政拨款、自收自支三类。全额财政事业单位编制人员的收入全部来自财政拨款，根本上说是来源于国家的财政收入，故员工的收入一般都固定化类似公务员。自收自支事业单位的一切支出（包括人员收入）都来自于本单位收取的费用或者创造的利润，此类单位待遇看单位运营状况，差额财政拨款事业单位介乎于二者之间即既有企业利润，又有财政拨款。
事业单位也有差别，如国土局、财政局、建设局下属的一些事业单位（如工程单位，国土研究所，有色金属研究院）较好；其他的如公交公司，自来所公司要稍差。
补充：
1）国有企业，在国际惯例中仅指一个国家的中央政府或联邦政府投资或参与控制的企业。在中国，国有企业还包括由地方政府投资参与控制的企业。政府的意志和利益决定了国有企业的行为。
2）事业单位，是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。
