两者最好不要绑在一起，最好是并存，各搞各的。因为：
内部控制制度是利用单位内部分工而产生的相互制约，相互联系的关系，形成一系列具有控制职能的方法、措施、程序，是一个有机联系的体系。说白点，它并不是一个单独的制度，是许多相关制度中的、有关内部控制内容的统称。但也有的企业把内部控制专门形成一个单独的制度，可这样的制度一般都比较粗犷，无法具体执行。如果把这个制度太细化了，那就与其它制度重复了，也没必要。
由于大多企业的内部控制制度不是一个单独的制度。而质量管理体系则又是组织内部建立的、为实现企业质量目标的质量管理模式。其所谓的“内部控制”也是对质量方面的控制，而不是常说的“内部控制制度”的控制，两者根本不是一个概念。所以说，强行嫁接在一起，至少不会利于操作。应该并存，最好不要整合在一起。
现在许多专家（而不是企业管理者）也讨论将质量管理体系与内部控制体系进行整合。暂且不说这种整合是否对企业管理有益，单说形式上也会将内部控制制度捆绑得中不中，洋不洋的。这不但加大了质量体系认证工作的难度，同时也会使条理清晰的各项制度变得教条，未免有点形而上学了。
至于编码的问题，你们可以将质量管理体系中涉及到有关“内部控制制度”的内容，加上一个编码就行了，以便受控和认证。平时在其它“内部控制”修改时也较容易，不会象质量体系文件修改时那么麻烦。
这些完全是我自己的看法，现想现写，有点乱，也不太成熟。而且这样做也难免让人看着有点投机思想，所以仅供参考。
