留着证据直接找当地劳动监察大队，普及一下相关的劳动法知识吧：
《劳动合同法》
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十五条 除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
第三十八条 用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
第八十四条 用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款;给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
因此，1.根据《劳动合同法》规定，可以约定违约金的情形限于提供了专项培训和商业秘密上的，你的一、二情形都没有涉及违约金事宜；
2.根据38条规定，没有及时足额支付劳动报酬，劳动者是随时可以解除劳动合同的，并不需要提前三十天，对于情形二，公司无权就迟到扣员工工资，扣除的工资可以要求用人单位返还，根据你说的没有签劳动合同，还可要求双倍工资要求。因此，两种情形都不合法。
3.解决途径，最快的是去劳动监察大队投诉，一般会立即返还。还可以去申请劳动仲裁，不服仲裁结果可以起诉到法院。
